Mitt 2010

Jag har publicerat 4 artiklar detta år, två förstanamns, en sistanamns. Inga speciellt coola tidskrifter dock tyvärr. Siktar högre när det gäller kvalité, inte kvantitet, när det kommer till 2011.

Lärde mig extremt mycket. Praktiskt och psykologiskt.

Såg den bästa konserten någonsin, Jonsi. Helt otroligt obeskrivbart underbart. Tror inte det blir bättre än så. Såg även Movits! och diverse små indie-band och var på Popaganda. Såg en gäng dåliga filmer på bio.

Äldsta systern gifte sig och fick tredje barnet, alla andra blev också på smällen eller födde barn.

Jag fyllde 30 och krisen verkade bestå i att jag plötsligt inte visste om jag egentligen vill ha barn.

Labbet splittrades, jag flyttade till Broad, andra till Yale, och resten stack någon annanstans.

Vi fick besök av svåger med fru, Mams och Paps & Moster och Morbror, Syster två med barn och man, Svärmor, Jenny, och idag kommer Svärfar med fru. Att ha er här gör att Sverige, och ni, känns närmare!

Reste själv inte så värst mkt, förutom ett besök i Sverige var vi till Niagrafallen, Toronto och New York. Och Killington då, där vi firade vår DINKy jul.

Gruset i maskineriet

Vad är det som är svårt med det jag gör?

Jo, att sortera filer som har runt 50 miljoner rader eller mer, och att hålla koll på annoteringarna. Hur vetenskapligt intressant låter inte det? En BED fil har positioner som är 0-baserade, GTF filer är 1-baserade. Ensembl och NCBI har olika gener, RefSeq bara ett fåtal gener, och allt man laddar ner från UCSC saknar gennamn.

Sedan några veckor har jag roat mig med att ta fram en ny annoteringsfil för mina analyser, jag litade inte längre på den jag har använt. Så hur gör jag detta? Jag vill ha ensembls gener, kända lincRNAs som bl.a. personer här på Broad har tagit fram, samt de "nya" gener som jag mha bl.a. programmet Scripture har definierat bland mina celler. Ungefär detta gör jag därmed:

1. Ladda ner en ensembl GTF file från UCSC table browser
2. Ladda ner en Transcript ID - Gene ID fil från bioMart
3. Föra in respektive gennamn i ensembl.gtf filen
4. Kollar vilka lincRNAs som överlappar med mina ensembl gener, dessa vill jag inte lägga till (dubletter = death)
5. Lägga till de "nya" lincRNAs
6. Kollar vilka av generna definierade av Scripture som överlappar med min ensembl_lincRNA.gtf fil.
7. Lägger till de nya generna till min GTF.

Så då har jag då nu en annoteringsfil som är MER komplett, men inte helt komplett. Jag utelämnade ju alla nya isoformer av kända och okända gener. Så vid sidan om gör jag även en annoteringsfil som innehåller alla isoformer. Och det är här vi kommer till filerna som har 50 miljoner rader. Och nya isoformer av en känd gen måste vi även annotera som tillhörande just den genen. Vilket innebär smärtsamma processer där jag kollar hur rader i olika filer överlappar, skapar filer för dessa överlapp och sedan slutgiltligen för in de nya/egentliga gennamnen i ursprungsfilen. Låter det idiotiskt? Det är det. Vet du ett bättre sätt - please tell me.

Och alla dessa verktyg (som jag älskar), men som är så nya (eftersom fältet är nytt) och helt okompatibla med varann. Alltså spenderar man tiden med att sortera om filer, modifiera headers, hitta buggar. Och önskar att jag var en programmerare istället, och därmed kunde skriva bättre program än den oändliga radda av python program som nu bor på min hårddisk.

Och sen var det de vetenskapliga frågorna också.

Presentationsteknik.

En sur kommentar bara.

Nästa gång jag går på en presentation som ska vara 30 minuter och människan som håller den har 50 slides och därmed säger "And this I will not have time to cover" alternativt "perhaps Dr X will mention this later" ungefär 30 gånger så tänker jag bara gå. Alternativt skrika något extremt oartigt innan.

Final bording call!

Första gången jag tog tåget till New Haven så blev jag väldigt stressad. Stog där på perong 1 där tåget skulle gå, klockan var 06:13 och tåget ska gå 06:20. I högtalarna hör jag plötsligt:
"Final boarding call for regional train 95, final boarding call on track one"
Shit shit shit, finns det en till perong 1?! Inget tåg i sikte, de andra peronerna på perongen verkade inte nervösa alls. Är ju inte otänkbart att det finns perrong ett regional och perrong ett för långväga tåg. Korkat, men inte otänkbart. Står där och stampar lite nervöst. Igen hörs i högtalaren "This is the final boarding call for regional train number 95". !!

Och sen "Final boarding call for regional train 95, arriving on track one".
5 minuter senare anländer tåget.

Final boarding call innan tåget ens finns i närheten av stationen alltså. Smart.
Finns det en historia bakom det? Missar folk tåget om det inte ljuder ett "Final boarding call"? Nu vet jag iaf. Men dessa utrop gör mig fortfarande nervös.

Forskningsmiljö

Slogs idag av en stor skillnad mellan att arbeta här på Broad/Harvard/Yale mot i min gamla grupp hemma på KI. Och jomenvisst, de självklara skillnaderna är ju mängden pengar och koncentrationen av folk som gör häftiga saker här. Men det är inte det jag vill prata om nu.

Utan diskussionsklimatet. Jag skriver på en reviewartikel, och inser att jag inte en enda gång sedan jag kom hit har diskuterat teorierna kring det vi arbetar med, aldrig har fått den minsta inblick i hur de andra ser på uppkomsten av en komplex sjukdom, inte för 5 minuter har hört någon ifrågasätta det dom håller på med. Här finns drivet, diskussioner kring coola saker man kan göra och metoder som utvecklas i ljusets hastighet av dessa ubersmarta människor. Människor som hur lungt som helst kan babbla på och framställa sig som boss framför personer såsom Aviv, Rick och Brad (där jag ramlar tillbaka i den jävla Svenska jantepersonen). Jag har tidigare reagerat på att några av de stora projekten är taskigt skötta, helt enkelt för att de är för stora för en post doc att ta hand om (eftersom fler än 5 high shots är med), och de därmed inte blir tillyxade lite på en höft av personer som inte har riktig koll på vad dom sysslar med. Men nu tycker jag mig se en liknande en brist på reflektion på alla nivåer. Att fundera äver de riktigt stora frågorna är visst något som man gör på sin egen kammare om man har tid, kanske med sina närmaste vänner om de är forskare. Men oftast inte alls är jag rädd. Här finns det mängder av resurser och driv, men skyldigheten att göra något bra och genomtänkt då? Inte bara större populationer, mer sorterade celltyper och coolare tekniker.

Men sen kommer jag från en extremt diskussionsbenägen grupp på KI, där vi stirrade våra svagheter i ögonen mest hela tiden, och där jag utvecklade en väldigt stark kunskap och känsla för teorier bakom genetisk epidemiologi. Där alla metoder och idéer skrubbades ner till minsta beståndsdel och kritiskt tänkande var king.

Kanske detta som är den största anledningen till att jag inte riktigt förstår, eftertänksamhet är inte en dygd här. Att visa sina svagheter en svaghet, medan jag tycker det visar självinsikt.

Kontroll

Labbmöte avklarat.
Fick chefen (och andra) att inse att detta är svårt, och förhoppningsvis att det är därför det tar tid, ingen har gjort detta innan. Check.
Förmedla bilden att jag har kontroll över läget, att det är jag, eller jag och Chris, som faktiskt leder detta projekt och har koll. Check.
Förmedla att jag trots svårighetsgrad och komplikationer gör framsteg, att detta dataset kan ge oss extremt intressant information om hur T-celler fungerar. Check.

Pendlar emellanåt (varannan vecka) mellan Boston och New Haven, och har nu börjat kolla på boende i New Haven. Ett rum i en lägenhet någonstans. Skönt att det finns en plan, bossen är med på det, känns som om livet kan stabiliseras lite mer.

Bokat en resa hem till Sverige i Februari. Önskar mig gnistrande träd, vit snö överallt och blå himmel.

Holiday season är härligt! Thanksgiving middagen var jättetrevlig, det bakas för fullt och snart åker vi på skidsemester över jul, sen Orphan Christmas party hos C. Tror det blir en riktigt bra jul.

Ännu mer bollar i luften egentligen, men en positiv känsla. Framtidsplanerna klarnar lite, jag är optimistisk.

Tror dippen jag känt under de senaste månaderna är över.

Thanksgiving

Thanksgiving här i staterna, och jag sitter på tåget tillsammans med barnen som åker hem till mamma och pappa, åldringarna som ska till sina barn, alla för att fira USAs största helg. Ungefär som att sitta på tåget hem till Dalarna den 22 eller 23 december. Förutom att tåget inte alls är fullt, alla åker ju bil. Glad är ju jag iaf.

Imorgon ska vi fira hemma hos oss också, knytkalas var tanken, men vet inte om det är så många andra än jag och Johan som faktiskt kommer vara där och ha lagat något. Men kalkonen tinar och ska marineras ikväll, sötpotatisen är inhandlad och desserten planerad. Eftersom mitt labb har flyttat till Yale och många faktiskt själva är amerikaner så är det inte så många som kunde komma till oss, och inte så många att bjuda. Gör mig lite nedstämd, att det inte finns så många personer i mitt liv här. Inte så många som jag känner att jag vill umgås mycket med heller. Fattigt liksom. Och då känns längtan efter mina människor hemma ännu starkare, efter att faktiskt ha ett liv. Mitt sociala handikapp har alltid gjort mig lite fattig på människor, men hemma finns de som har känt mig i flera år. Min familj och barndomvänner, s.k. gamla kollegor som jag bankat min hjärna mot otaliga gånger. Ett liv. Och nu är det Holiday season, alla reser till sin familj, umgås med kära. Jag har labbmöte på måndag och måste visa upp något riktigt. Distributionenerna ser suspekta ut, inga lysande stjärnresultat att plocka upp och göra en story av. Utan bankar skallen mot teoretisk statistik istället. Har sagt till Mentorn att jag bara planerat att stanna i USA i två år till. 4 år till hade varit bra för min karriär, men jag vill inte mer. Jag måste väl vara rädd om mitt hjärta också? Hemma i Stockholm har en ny medlem födds in i familjen, min bästa vän går igenom en väldigt jobbig period, och jag är på fel ställe. Dom fattas mig. Allt detta påverkar mig just nu. Vad är viktigt i livet egentligen?

Leta pengar.

Mitt stipendie från Vetenskapsrådet tar slut vid årsskiftet 2011-2012, det är bara ca 13 månader kvar vid det här laget alltså. Två år är alles för kort för en post doc, och jag måste börja se mig om efter ytterligare finansiering. Tips mottages tacksamt...

Dagdrömmer.

Tänker mig att jag sitter vid köksbordet hemma på farmen. Antingen läser jag en pocketbok jag hittat i en papperspåse någonstans, Falukuriren eller Land. Bär mina gamla Gagnefs IFs träningsbraller som har nummer 2 på ena låret, dom som fortfarande bor hemma i garderoben i rummet jag brukar sova i. Det är fredag morgon och jag är hemma och hälsar på och ska stanna över helgen. Mamma och Pappa jobbar, men Paps borde snart komma in och äta lunch. Hela dagen är oplanerad, och jag har inget jag egentligen borde göra. En promenad runt broarna kanske? Ta en sväng till Malin på eftermiddagen och sitta i deras soffa, dricka te och äta godis, kanske baka en kladdkaka eller poppa popcorn. Förundras över att sonen fortsätter växa och livet förändras, vara avundsjuk på huset dom bor i, trädgården, byn, livet. Cykla tillbaka till farmen och laga mat med mamma som vaknat från sin eftermiddagslur, fisk i äggsås med kokt potatis. Ligga i soffan och kolla på Reality channel, eller om man har otur - golf. Prata lite strunt och tycka det är konstigt att det aldrig går någon film som man vill se på deras filmkanaler. Somna och veta att dagen imorgon också kommer att vara lugn, man kanske skulle ta och baka något.

Vore det inte underbart?

På efterkälken.

Det har varit en intensiv period på sistone med mängder av besökare hemifrån Sverige. Otroligt trevligt såklart, men allt annat har hamnat (ännu mer) på efterkälken.

Jag multitaskar fortfarande och försöker desperat att bli klar med analyserna. Har varit här i över ett år redan, och har ännu inte producerat resultat som vi faktiskt ska använda i en publikation. Finns flertalet ursäkter för detta (datat var inte klart förens i somras, ändrade direktiv, etc), men i slutändan så är det ju ändå dåligt. Jag har lärt mig extremt mycket, vetenskapligt, praktiskt, politiskt, men måste få ut en publikation snart. När jag väl producerat resultat ska det ju även följas upp och valideras i labbet.

Brottas även fortfarande med vart jag vill ta min karriär. Har ett år i sverige betalt iom mitt stipendie från Vetenskapsrådet, och det vore ju dumt att låta de pengarna ruttna bort. Men vad vill jag egentligen?
Brottas även med idiotiska problem i byråkratin här, all service fungerar extremt dåligt och även det får mig att längta hem. Men kanske är lika jobbigt som utlänning i Sverige, jag vet inte.

Multitasking

Finns det ett bra svenskt ord? Många bollar i luften helt enkelt.

Jag arbetar med RNA-sekveneringsdata. Förutom att kolla på expressionsnivån av olika gener så kan man ju med sekveneringsdata även utröna variationen i vad som uttrycks - olika isoformer av gener, har transkripten blivit förändrade efter transkriptionen (RNA editing), finns det okända gener eller exoner som uttrycks?

Mycket av detta jobbar jag med just nu, och krigar därmed mot vår LSF som har alles för mycket att göra även om jag inte skulle skicka den 40 nya jobb varje dag. Så därmed sitter jag och väntar medans mina jobb köar och medans dom utförs.. Men vänta kan man ju inte göra, så då jobbar jag parallellt med ett annat sidoprojekt, skickar iväg en drös jobb.., och sen tar jag upp ett annat sidoprojekt.. osv. Så tillslut sitter jag som nu, smått förvirrad, och försöker hålla status av varje spår aktuellt i skallen, komma ihåg vilka program som behöver slipas till, vilka som inte skrivits än och vad nästa steg är. Och såklart; vad för slags jobb det egentligen är jag skickat iväg till klustret. Man borde ha ett bättre system för att hålla koll på dessa bollar.

För att vara rättvis..

..så vill jag berätta att symposiet blev avsevärt bättre efter lunch. Den omstridde Goldstein talade om vikten av ovanliga varianter, men ägnade ett par minuter i början åt att bedyra att han inte alls förkastar allt som har med GWAS att göra. En Alzheimers forskare talade om hur personer med nära släktingar som drabbats av Alzheimers själva behandlar genetiskt testdata, hur dom beter sig efteråt, hur dom själva uppfattade den prognos dom fått och hur dom sedan gick och skaffade sig en annan försäkring om dom hade fått ett negativt besked. Intressant.

Ännu ett genetiskt symposium.

Idag är jag på Symposiet: Genetic Frontiers of Neurological Diseases. Det låter ju bra med tanke på att jag arbetar med typ det. Nu har halva dagen gått, och jag känner mig frustrerad. Är jag för van vid att umgås och diskutera med smarta människor? Här har vi haft några av höjdarna inom MS och Alzheimers som har pratat om sin forskning när det kommer till genetik och vissa av föreläsningarna skulle vara lite mer visionära också. Men allt jag har sett var genlistor. En tabell eller två. Och hur intressant är det? Efter att den första överrumplande lyckan över att vi äntligen kunde hitta riktiga associationer som gick att replikera hade gått över så blev det snart gammalt. Missförstå mig inte - Alla nya associationer är en framgång, absolut. Men att om och om igen se en växande lista är ointressant. Nu vill jag veta hur ni tänker runt detta, hur era hypoteser ser ut, hur ni kommer att följa upp dessa hypoteserna, vad era preliminära resultat är.

Sen kom droppen som gjorde att jag tog en tidig lunch istället för att bara jobba i min stol. En statistiskt inriktad föreläsning med titeln (fritt översatt till Svenska): "Tankar kring metodologiska problem med GWAS studier och Meta analyser". Visst låter det torrt, men intressant för mig i vilket fall. Om det nu inte hade vart så att personen i fråga gjorde in grundläggande genetisk epidemiologi föreläsning, liknande den vi på labbet hemma på Karolinska skulle ha gett en ny doktorand eller projektarbetare. Som: Vad är skillnaden mellan association och linkage, vad multiple testing är och varför vi måste korrigera för detta och metoder som finns för att göra detta, vad en trio etc är. Basic basic. Satt jag i ett rum fullt av läkare som forskade vid sidan om och behövde få sig en lektion i grundläggande kunskaper? Nej, jag satt i ett rum av forskare som forskar i neurologiska sjukdomar och är på pass intresserade av genetik att dom var på detta symposium. Ingenting sades på denna föreläsning som jag inte redan diskuterat igenom med mina kollegor hemma i Sverige för 7 år sedan. Oacceptabelt.

Så, ointressanta föreläsningar av forskare som inte vet vart dom ska ta vägen med sina genetiska resultat, samt en föreläsning riktat mot en helt annan publik. Och en förmiddag av missad arbetstid för mig. Vi får se om eftermiddagen blir bättre, jag har datorn igång i knät i vilket fall.

Men jo, jag är och har varit bortskämd med många smarta människor i min omgivning. Och jag är extremt lycklig över att jag varje vecka hör föreläsningar som slår alla jag hört idag med hästlängder.

Dessutom: En brown bag lunch som består av en liiiten macka med kyckling, tomat och aioli som inte smakar ett enda dugg. En liten påse BBQ chips, en kaka och en läsk.

Vad jag borde.

Har haft min första halvvecka i New Haven och på Yale Medical School där mina labb numera huserar. Immunologilabbet, och min mentors Chris labb där jag officiellt är post doc. Också.

Åkte till New Haven med en ganska fast övertygelse om att jag ska satsa på att få ett jobb inom industrin efter detta. Ett läkemedelsföretag. Forskning, men på annat sätt. Hur vet jag inte alls, har ingen erfarenhet av att arbeta på ett företag, och vet inte vilka roller som brukar finnas. Projektledare för en grupp som arbetar med genomdata, expression, läkemedelsscreens, .. nått sånt. Åkte tillbaka till Boston igår kväll och var igen helt vilse i mina framtidsplaner. Spenderade en kväll med Chris och goda drinkar, diskuterande min framtid, mina val, mina svagheter och styrkor, och mycket annat också. Han är bra på att snacka Chris. Han är även en eminent mentor, och jag insåg mycket under kvällens gång.

Mitt problem med att se en bra framtid för mig inom akademin består av flera delar. Mest av allt politik - att läsa, manipulera, imponera och smöra för rätt personer. Att se till att dina projekt får bidrag. Att ha ett stort kontaktnät av kunniga människor. Den andra stora delen är kraven. Kraven från mig själv på att lyckas och göra tillräckligt bra saker. Jag vill inte göra forskning bara för att vara forskare, som ett vanligt kneg. Om jag ska fortsätta inom akademin så måste jag jobba med något som engagerar mig, som utmanar mig, som är roligt och belönande, som jag är / kan bli bra på. Om det inte är förstklassig forskning så är det inte värt det - den låga lönen, de långa timmarna, det engagemang man måste lägga ner för att ett labb ska överleva. Och går det att göra i Sverige? Jag vill hem till Sverige, eller iaf bort från USA. Det Amerikanska samhället skrämmer och äcklar mig och jag vill inte vara en del av det.

Men alternativet då, ett industrijobb i Sverige - finns det ens? Och krävs det där inte politik och engagemang för att lyckas? Och hur kommer det vara att inte själv ha kontrollen och samma självstyrande som jag har nu? Att en dag komma till jobbet och få veta att det projekt man jobbar med är nedlagt och det är bara att börja med något nytt.

Men jag känner också att jag borde fortsätta inom akademin, att jag skulle kunna lyckas, att jag har potential, att jag skulle kunna leda en grupp och göra bra forskning. Att det vore ett svek att inte försöka. Ett svek mot vad? Osäkert. Mänskligheten, den feministiska kampen, alla som ändå tror på mig och stöttar mig i detta. Mig själv, att jag inte tillåter mig själv att bli så bra som jag faktiskt kan.

Det finns också en trötthet, har tröttnat lite på detta ständiga kämpande. Alla dagar stretande mot nya kunskapsmål, lösa problem som jag inte har en aning om hur jag ska lösa. Ingen träningsvärk i hjärnan längre, mer en molande smärta som efter 3 raka maraton. Hur skulle det vara att arbeta mindre hjärnintensivt?

Att flytta långt bort

Den 15:e September förra året så tog vi en Taxi från Farsta till Arlanda med två stora väskor var, och sedan flyttade vi till Boston.

Svårare än så var det faktiskt inte. Struligare att flytta utan möbler givetvis, och vi begav oss till IKEA och köpte allt det viktigaste dag 2.

Dagarna, veckorna och månaderna innan flytten vet jag att jag igen och igen tänkte att jag borde tänka på denna Flytt, på hur det kändes, på hur det skulle bli. Men, vad skulle man egentligen tänka på då? Jag visste ju inte hur det skulle bli eller kännas, och sen var livet ganska uppfyllt av andra bestyr (sälja husgeråd, avsluta alla projekt och diverse disputationer bl.a.). Men sen en dag satt vi där på planet och jag tror jag grät en smula medan J sov. Första tiden här var tom, smutsig, spännande, strulig, frustrerande och abstrakt. Sen kom vardagen. Jobbet och vardagslivet som tar upp din tid och lullar dig till sömns. Och alla små skillnader och idiotiska saker som detta land bjuder på till trots, din vardag styr du som du vill och den ser i mycket ut som den gjort innan. Så att flytta hit var inte så mkt annorlunda mot att flytta från Dalarna till Linköping. Med till Linköping kom min bästa vän, med till Boston kom min man. Och jag har liknande känslor för Boston som jag har för Linköping - det här är min stad för ett par år! Vyn över Boston varje kväll när jag cyklar över Charles gör mig glad.

Det var enkelt att flytta över Atlanten, det är enkelt att starta en ny kula någon annanstans. Gör det bara.

Social kompetens.

Det handlar om att nätverka och därmed skapa nya kontakter, snappa upp ny kunskap och gemensamt med andra utveckla dina idéer. Sälja dina idéer till andra. Hur lär man sig det? Just nu känns det som den största anledningen till att jag inte kan stanna inom akademin och bilda min egen grupp.

Google gav mig en sida om tips för att förbättra min sociala kompetens, råden var:
Lyssna, Var intresserad, Babbla inte för mkt, Behandla andra som du vill bli behandlad och Ta inte åt dig all kritik. Låter snarare som tips för att bli en bra vän, men även där krävs väl ett aktivt initiativ och att du själv säger något som är intressant. Att tro att "behandla andra som du vill bli behandlad" funkar inom den professionella världen är rakt av en lögn - du måste ta åt dig, tuppa upp dig och kunna manipulera människor. Du kanske inte inser att det är det du gör, för du fick din "professionella sociala kompetens" med bröstmjölken. Självkänsla och självförtroende kanske det kallas, förmåga att tyda och leda människor är också en del. Du får inte en löneförhöjning enbart för att du förtjänar den, du måste påtala och bevisa att du förtjänar den.

Jag letar efter en kurs i ledarskap och professionell social kompetens, finns den? Helst riktad mot en hopplöst stereotypisk svensk person som gärna svarar på tilltal genom att dra in luft mellan läpparna.

Självdestruktiv light.

Har gjort mig av med många dåliga vanor och destruktiva beteenden under åren. Det som finns kvar är min avsaknad av nagelband - alltså min förmåga att totalt pilla sönder mina fingrar då jag är stressad eller frustrerad.

Mycket handkräm och plåster går åt just nu.

Vart efter detta?

Hur planerar man en karriär? Vad ska jag göra idag för att planera och bygga inför det jag vill göra om 2-3 år?

Om jag vill starta min egen forskningsgrupp är det dax att grunda idéer och planer för vad den forskningen ska gå ut på. Det finns en hel värld av möjligheter, men att vara innovativ är svårt och jag är fortfarande inte den innovatör jag gärna skulle vilja vara. But getting closer. Inom mitt fält och min erfarenhet, men utanför såpass att det är nytt och spännande och inget som mina nuvarande kollegor och chefer håller på med.

Men politiken! Forskning handlar förutom om forskning om att få ihop pengar till sin överlevnad och dessutom till sin forskning. I Sverige finns det lite pengar. Här finns det mer. Men att aldrig ha säkerheten, alltid undra om du kommer att lyckas övertyga tillräckligt många sponsorer och fonder om förträffligheten om din forskning för att förmå dem att ge just dig pengar. Vilket därmed leder till att det till stor del handlar om att nätverka och vara social och sälja in sig (vilket jag i nuläget är relativt kass på) och lära känna rätt personer. Hur mkt har det att göra med intressant och viktigt och revolutionerande forskning egentligen? Synd bara att det är just det all forskning får lov att handla om. Och det är ju inte det jag vill hålla på med, jag vill forska, lösa problem, formulera hypoteser, pröva dessa hypoteser, bygga modeller från data och bygga en ny bild om hur biologin, livet, fungerar.

Eller så blir jag en admin person på ett läkemedelsföretag med en trygg månadsinkomst och får ge utlopp för mina kreativa förmågor utanför kontorstid (skulle ju vara ganska sweet att ha kontorstid dock). Vem vet!

En tant

Jag är ju feminist ut i fingerspetsarna. Ser det som en självklarhet, och tycker att om man inte är det är man en korkar plupp etc etc. Och ser mig själv som relativt fri från fördomar.

Men det finns en tant här. Över 60. Men samma klädstil och kroppsspråk som min mor. Och hon är forskarledare på Broad, stället som är "the Shit" inom forskning. Och jag bara tycker det är konstigt och inser att jag tvivlar på hennes förmåga. Och skulle ha antagit att hon var sekreterare eller admin personal om det inte var för det faktum att jag varit på seminarium där hon tagit ord och varit uppenbarligen väldigt smart och visat pondus. Tänk nu inte att hon ser ut som Leena Peltonen, hon var ju den klassiska, extremt drivna forskarledaren i designkläder och högklackat. Nu pratar vi mystant i stor T-shirt. Men ja, vill slå mig själv, så fördomsfri är alltså jag.

Hur det är att vara kvinna inom Forskarvärlden och i USA som helhet förtjänar helt egna inlägg.

Bubbla

Läser en del vetenskapliga bloggar. Speciellt inom bioinformatik-världen finns det extrema mängder bloggare (vem vet, kanske även i andra fält som jag inte är intresserade av!). Är bioinformatiker speciellt sociala människor? Eller sociala på nätet i frånvaro av ett rikt socialt nät afk? Nej, det senaste verkar faktiskt inte vara sant.

I vilket fall. Den här världen är ju en bubbla. En bubbla som i att vi alla hamnar i grupper och konsortier med människor som håller på med väldigt liknande saker. En bubbla eftersom de flesta i denna världen har ett jobb som är nästan som en hobby, som definitivt är väldigt intressant och som kräver och behöver mycket av ens tid, uppmärksamhet och engagemang. Och bara de som är i samma situation fattar, men jag antar att det är som att ha ett egen företag: Det är du och bara du som gör din forskning. Även om du har medförfattare och medarbetare, så är målen du arbetar efter dina, bara dina. Och bara du kan ta arbetet framåt.

Att försöka berätta vad jag egentligen pysslar med för familj och vänner är svårt. Antingen finns det en kort intetsägande variant om antingen fältet ("Jag arbetar med MS genetik") eller vad jag praktiskt faktiskt gör ("Jag programmerar och räknar statistik. Och tänker."). Och inget av det snuddar ju ens vid vad det egentligen är, hur det är. Vad som driver mig, hur framgångarna känns, eller vad ens framgångarna kan vara. Hur bakslagen ser ut. Och min forskning kan jag nästan bara diskutera på riktigt med den extremt lilla klicken personer som håller på med samma sak och har samma problem.

En av mina anledningar för att starta denna blogg var att jag ville ge en liten inblick i hur ett forskarliv kan vara. Om jag skulle ha författardrömmar så skulle jag skriva en chick-lit som utspelar sig i en forskargrupp (för vem är inte extremt trött på alla störande böcker om 30 åringar som jobbar som journalister på en dålig veckotidning, blir kära i chefen och har noll koll på grundläggande näringslära). En del personliga saker slinker definitivt in här också. Och när jag äntligen publicerar något härifrån så hoppas jag att jag kan skriva ett inlägg som ger er en inblick i vad jag har gjort, vad vi kom fram tid, varför det var bra, vad som fattas, vad det betyder.

Jag ska bara se till att analysera skiten ur det här datat först. Lära mig lite nya tekniker på vägen, läsa en miljon papper (=vetenskapliga artiklar) som snuddar vid de saker jag funderar över, försöka validera fynden, komma fram till vad jag själv tror, diskutera det med medförfattarna, komma fram till vad våra data visar och sedan skriva ihop det. Antagligen en del loopar också. Sen så!

elaka barn

Jag har aldrig mobbat någon. Har jag med massan ställt någon utanför eller själv helt enkelt inte bjudit in? Antagligen.

Jag var mobbad som barn. Är en lyckligare människa för varje år och dag som går, för varje snäpp starkare jag blir. Ser dom andra det på samma sätt, att dom mobbade mig? Antagligen inte, flera av dom är mina vänner idag.
Spelade ut mig på ruta. Minns att jag stod under den gigantiska björken för mig själv. Antagligen inte en speciellt nyanserad bild, men jag vet att jag mådde dåligt. Sammanföll med att min familj tog hand om ett fosterbarn, min lillasyster, och det kanske också spelade in men i min tanke då så handlade det om att jag var mobbad och inte hade några vänner.

Har hört i efterhand att det var för att jag lekte med killar, hade killskridskor etc. Mest antagligen för att jag inte var stark, inte var självsäker. Alltid det det handlar om till sist.

I tunnelbanan hemma i sthlm för några veckor sedan överhörde jag ett samtal mellan två tonårstjejer. Dom hade precis börjat gymnasiet och brunetten förklarar att hon saknar sin gamla klass aasmycket, dom var så jäädra roliga. Anekdoten som förklarade hur askul dom hade det på gymnasiet handlade om hur dom låste in den latinamerikanska städarens vagn inne på toaletten. Städaren blev förtvivlad och började i princip gråta där i korridoren.

Askul!

Under högstadiet mobbades en tjej rejält. Fattade jag det ens då? Är kolossalt bra på att förtränga saker, var extremt dum-naiv som yngre. Hörde ändå vissa av historierna, och dom var riktigt illa. Detta var under tiden jag gick omkring i en grön arme-jacka storlek XXL med massa budskapspins på. En dag gav hon mig en pin, "rör inte min kompis", eller liknande, och jag sa tack och blev glad. Men jag försvarade henne aldrig, gick aldrig emellan, var totalt ignorant.
Och det där värsta gruppen, killgänget från låg, mellan och högstadiet. Fy fan. Minsta tecken på psykiska problem hos dem och jag ler inombords.

Och alla skulle de skratta och säga "barn är så elaka" om saken kom upp.
Nej, jag tar tillbaka. Alla skrattar de och säger "barn är så elaka" när saken kom upp, det har redan hänt. Och jag fattar inte! Det var ett helvete för den personen då, det är fortfarande något som påverkade och förmörkade en stor del av livet. Och det var aldrig roligt. Hur kan det vara roligt? Och även om du var 11 år när det hände så har du fortfarande ett ansvar. Jag har ett ansvar, jag var aldrig stark och modig nog att gå emellan. Och denna ignoranta vuxenvärld...

M, S, C, V, SD, MP, KD, FP,...

Har lite svårt att sätta ord på hur jag känner inför detta valresultat. De olika blocken var som väntat jämna, hade nästan trott att vänsterblocket skulle vinna efter de osakliga men känslomässigt laddade utförsäkringsfallen som diskuterats de senaste dagarna (Försäkringskassans system måste göras om! Folk har hamnat i sådant förtvivlat kläm under väldigt många år! Snälla snälla högerblocket ta tag i detta snarast.).

Men SD, hur gick det till? Handlar det om främlingsfientlighet som spridit sig stort i Sverige på sistone, ett missnöjesparti eller mer extrema högermänniskor som ser detta som sitt enda val när Moderaterna gick mot mitten till? Har främlingsfientligheten växt, hur går diskussionerna i de röda stugorna? Jag kanske varit ouppmärksam eller helt enkelt varit i min egen bubbla de senaste åren, en akademisk-medelklass-bubbla. Men alla verkar vara bestörta över detta, alla kommentarer på facebook. Bakgrunden fattas för mig. Är det för att de övriga partierna inte vågat diskutera integration?

Girig gottegris

På denna arbetsplats cirkulerar det mycket ätbara saker, ofta gottesaker. Överdådiga fika till alla seminarier, ofta möten som resulterar i överbliven mat och fikabröd som lämnas på bardisken vid the lounge. Och jag sitter ju här, ser bardisken ett par meter från min glaskub och är i princip ALLTID först med att nappa åt mig saker att äta. Att jag är en obotlig gottegris vet vi ju redan, men idag gick jag över någon slags gräns. Idag samlades ett stort gäng personer inne i seminarierummet på mitt våningsplan, och dom var där inne ganska länge och hade trevligt (Congratulation Mike! stod det på väggen). Såg nyss hur dom avlägsnade sig från rummet och några personer kommer bärande på en gigantisk tårtkartong. Dom närmar sig bardisken utanför mig och jag känner att det vattnas i munnen. Dom ställer ner bestick etc där ute och jag försöker verka oberörd och inte stirra. Jobbar lite och hoppas att någon annan ska börja på godsakerna, lite lättare att komma ut då. Men sen så ser jag i ögonvrån hur någon går iväg med kartongen! Bort mot labbet. Antagligen till köket som ligger i andra änden av labbet tänker jag. Och då blir det lite knivigt. Jag har ingen som helst anledning att gå bort till köket, förutom för att jag är en girig gottegris. Det finns te och allting alles utanför mitt rum, ingen anledning att gå de 50 meterna till köket och matsalen. Men det tog ju knappt en millisekund för mig att bestämma mig iaf - jag tog min tekopp och försökte formulera en bortförklaring i skallen, typ "Det finns inge Earl grey te vid bardisken" eller "Jag trodde min mjölk stod här borta", eller liknande. Alla helt falska naturligtvis. Vem som nu skulle fråga.

Kommer till köket och där står resterna av en gigantisk chokladtårta. Jag tar en alles för stor bit och känner hur blickarna bränner från de andra där inne (Men antagligen brydde dom sig väl inte alls). Tar min numera fyllda tekopp och går mot dörren, fumlar när jag öppnar dörren med tekoppshanden och spiller te över tårtbiten och någon annan hjälper mig med dörren. Skyndar genom labbkorridoren och tycker alla kollar efter mig. Sitter nu i min glaskub och vill bara gömma tårtbiten från allas blickar. Den är riktigt god, men det smakar ändå lite bittert att jag aldrig kan motstå. Känns lite dumt minst sagt.

Samvaro när man jobbar som vi.

Det sägs ju att man lär sig att vara mer effektiv när man får barn, att man liksom tvingas till det. Men det är såklart inget som är specifikt för det extra engagemanget och tiden som behövs för ett barn. Nej, för varje gång du pressar dig själv så klarar du sedan mer. Det jag klarar av idag var otänkbart för tre år sedan, och jag hoppas på en lika bra utveckling framåt. Vad nu egennyttan och priset är egentligen, utöver den fascination och stress över utvecklingen och allt som återstår.

Jag fick en gång rådet av en gammal forskare att iaf inte gifta mig med en annan forskare, att kombinationen två idioter som arbetar häcken av sig utan trygghet och feta lönekuvert kanske inte är så lyckat. Och en karriär som är som mest kritisk just här vid 30 när "utbildningen" är klar och det är dax att starta den egna gruppen, göra sig ett namn, få ut några bra arbeten, knyta alla kontakter.

Men här är vi ju idag, två post docs på äventyr i Boston. Ett äventyr som dock mest innefattar vetenskapliga erövringar och ett privatliv som får ligga lite lågt. Men helt ärligt, om jag själv inte var likadan, hur OK hade jag tyckt att min partners 12-13 timmars dagar var? Det gäller att få in kvalitén på den tid som blir kvar, och att ibland sno tillbaka lite tid.

Det bara kryyyyper!

Så rastlös att jag knappt vet vad jag ska göra av mig själv. Försöker komma in i jobbet igen efter nästan tre veckors semester, komma ihåg vad jag ska göra och varför och lossa upp ngr av knutarna. Och igår gick det ganska bra, men också lite rastlös, men skyllde det då på att jag tränade så förbannat dåligt under semestern. Men idag! Idag har jag tränat, men känns som om jag bara vill krypa ut ur skinnet, göra upphopp och skrika, kasta porslin, NGT!

Kvotering my ass.

Ett barn har oftast två föräldrar - men klarar vi av att inse detta själva? Nej, det varkar inte så. Är så förbenat trött på denna debatt nu. Vadå kvotering föressten??! Ge varje FÖRÄLDER rätt till 6 månader (eller vad det nu är) föräldraledighet. Spyr om jag läser en till kommentar från Kvinna mellan 15 och 55 som gnäller om att "Staten har inte rätt att ta min modelighet ifrån mig!", och att vi måste "prioritera barnen" som i deras ögon verkar innebära att dom inte ska få en nära relation till sin pappa. Även om du går tillbaka till jobbet på fulltid efter 6 månader eller deltid efter två så kan man fortfarande amma (mornar, kvällar). Och sure en bröstpump gör kanske jävligt ont, men det gör ju ammning allt som oftast också. Och vart fan försvann pappan i bröstpumpsdebatten? Och jag håller med detta, vi klarar inte av att själva ställa om detta invanda mönster. Jag lutar till och med mot kvotering på chefspositioner och i styrelser, vi är helt enkelt inte så fritänkankande och öppna som vi gärna vill tro.

På tåget.

Sitter på tåget mellan Gagnef och Stockholm och har Lasse i lurarna. Nostalgi och Linköpingsromantik. Det var många år sedan nu. Länge sedan jag satt vid köksbordet och pluggade matte varje dag, länge sedan en lyckad utekväll ofta innefattade overall och Åbro. Länge sedan jag var så uttråkad och understimularad också, men det fattade jag inte då, och det var även en härlig tid som jag kanske ändå saknar. En väldigt social tid. Och jag vet ju att stora delar av gänget fortfarande håller kontakten med varann, går på bröllop och dop tillsammans, och det är lite sorgligt.

Men nu på väg tillbaka hem till Stockholm, till bästa Linda som jag inte sett på 8 månader snart. Har hunnit leka med några av barnen, träffa Malin och sett deras nya hus (och känna längtan efter ett eget rött hus med vita knutar) och andats den härliga friska gröna luften med doft av jord. Det finns inget vackrare än Gagnef.

(Skrevs 2010-08-24)

Sjukt snyggt!

Britta Persson – Meet A Bear from Bold Faces on Vimeo.

Sjukt bra.

Is he helping?

Könsroller. Här är dom en självklarhet på ett helt annat sätt än hemma. Det finns ingen diskussion, det fanns ingen kvinnlig frigörelse på 70-talet, inga velour-pappor, kvinnan har alltid ansvar för hemmet och detta ifrågasätts inte. Har vid flera social sammanhang hört uttryck såsom "thats what boys are like", eller ngn som suckar lite över att deras man inte kan hämta på dagis, och om han gör det så kommer han tidigast 5 minuter innan stängning. Men denna suck är inte en uppgiven suck, utan en "sådana är dom" suck. Och flickor är klädda i svarta lackskor och klänningar med tyll. Johan får frågan om jag har lagat maten eller bakat den goda kakan. Och jag fick idag frågan om Johan hjälpte till med att packa upp och städa i den nya lägenheten, för män gillar ju inte att göra sånt (Jag svarade att Självklart så gör vi det båda två.).

Inte så att jag inte vet att könsroller är starka i Sverige också, och att detta förhållande är det enda där jag inte bråkat om disk och städ. Men medvetenheten och diskussionen finns iaf hemma. Och jag hoppas verkligen att reklamfilmer såsom denna inte spelas hemma.




"There was a time when men were men". Jag är glad å männens vägar att deras könsroll kanske kan sträcka sig utanför ren sprit, identiska kostymer, fysisk plåga, gapskratt, dunk i ryggen och att behandla kvinnor som vackra dockor. (Håll inte upp dörren för mig om du inte accepterar att jag håller upp dörren för dig! Och sätter du mig på en piedestal så kommer jag att förakta dig.)

Prestationsångest

Kommer jag klara av det här? Ser en enorm uppförsbacke att forcera framför mig. Beror det på att jag är i en sits där alla, inklusive jag själv, är osäkra på vad jag kan prestera? Kanske. Och det kommer att kräva en stor ansträngning, och det mest utmanande för mig är själva programmeringen. Det som andra har flytande ur fingerspetsarna. Jag förstår frågan, jag lär mig mer och mer om vad jag vill leta efter, men jag vet inte hur jag ska implementera det. Och om jag hade gjort detta för 5 år sedan så hade jag kunnat skriva ngt fult litet program som gjorde jobbet på ett ineffektivt sätt. Men nu har jag miljontals bitar av data för varje prov, och måste skriva ngt som är relativt elegant och snabbt på en gång. Ångest.

Kommer kraven ifrån någon annan än mig själv? Jo, faktiskt. Kommer kraven från personer som inte förstår vad dom kräver? Ja, i ganska stor utsträckning. Kommer kraven från personer som vet min bakgrund och kompetens? Nja, inte riktigt.

Men varför har jag så svårt att kasta mig in i det, ta risker, försöka!? Istället läser och läser jag. Behöver en riktig spark i arselet. Det här är ju allvar.

Dax för ett nytt kapitel.

Det känns som att någon ska hända, är på väg att hända, borde hända. Rastlös och irriterad. Mest för att jag inte har inspiration nog för att ta mig till gymmet, men också för att jag vet att jag borde ta nya tag och starta om. Planerna för sekveneringsprojektet har ändrats (ännu en gång, och jag vet att jag måste ta tag i och styra upp detta om det ska bli något bra av det), villket å ena sidan betyder att jag inte har skrikpanik för att vi ska publicera innan sommarn är slut (hade aldrig gått i vilket fall), utan kan faktiskt jobba på detta i ett mer lagom tempo som betyder att vi borde få till något mycket bättre. Det nya pathway-projektet börjar lite smått bli något att räkna med och något att tänka smarta tankar kring, dax att designa.

Men också en rastlöshet som beror på att det är sommar. Har varit, och är, en fantastisk sommar här i Boston. 28-31 grader och sol varje dag. Men jag var utomhus i 20 minuter i solen igår och fick röda armar. Nu drar vi istället hem till er om en vecka, och det kommer kanske vara 18 grader, men desto varmare och mysigare för själen. Hoppas att den semestern kommer ge mig ny energi och inspiration för att jobba arselet av mig ett år till och faktiskt ge resultat att publicera. Är inspirerad av det nya projektet framför allt, här är det ju äntligen jag som håller i spakarna. Men semester, please!

Vad har jag lärt mig om amerikaner och USA?

Jag är uppväxt med en bild av amerikaner som feta, dumma, konservativt kristna som får barn som 14åringar. The american dream. Men även väldigt smarta människor, en frånvaro av Jantelagen, stora hus, cupcakes. Något var det väl ändå som fick mig att flytta hit. Nu, efter drygt ett år, har jag lärt mig mer om detta stora land. Jag har hållit mig upp i det nordöstra hörnet, och Boston kan väl tänkas säga lika mkt om det amerikanska södern som Sverige gör om Medelhavsområdet. Men iaf.

Diversiteten! Normalfördelningen är extremt mkt större än vad jag är van vid. Människor är större, mindre, smartare, dummare, längre, kortare. Ett land av invandrare, definitivt med olika samhällsskikt, men en större acceptans av olikheter än vad jag ser i Sverige. Nu spelar det säkerligen stor roll att jag bor i Boston, hit flyttar mängder av akademiker med sina familjer från hela världen. De största högtiderna är INTE de kristna, men antagligen de amerikanska (Thanksgiving är då College kidzen åker hem).

Kvaliteten. ALLT har sämre kvalité. (Inte forsknigen då, den är bättre men mkt pengar slarvas bort där ändå.) Lägenheter, hus, affärer. Att bo i Boston är dyrt, men även om du betalar 2600 dollar (över 20 000) i månaden för din 2:a så är det fuktskador under fönstrena efter att kondensen runnit ner. För det finns inget ventilationssystem. Kiten mellan klinkerplattorna på golvet i badrummet lossnar och efter att man slänger på kit på väggarna för att laga ett hål så slipar man inte. Kittet får nog inte ens torka innan färgen målas på.
Men mindre heltäckningsmattor än jag trodde!

Mobiltelefoni och Internet är dyrt. Internet är förbannat långsamt också, och planerna för mobiltelefoni korkade. Men Flexibiliteten! Inga uppsägningstider. I sverige måste du säga upp din internet 3 månader innan du flyttar, här säger du upp det genom att lämna tillbaka modemet och det är klart.

Allt det viktiga

Kanske eftersom jag är fylld av nostalgisk hemlängtan så tänker jag på det viktiga. Personer och aktiviteter som skuffas undan till förmån för det här jobbet. Att flytta utomlands till ett ställe där vi inte kände någon gjorde det väl även enklare att prioritera bort det sociala livet, vi hade nästan ingen social sfär utanför vår tvåsamhet. Det har ju förbättras under det här året visserligen, men ändå.

Och hur löjligt svårt en 6 timmars tidsförskjutning gör den kontinuerliga kontakten med dom där hemma. En syster är föräldraledig, vilket har hjälpt mkt. Och nu har Linda skaffat iPhone som möjliggör Skype på ett helt annat sätt vilket är enormt positivt. Men barnen, lilla bäbisen Sigrid och grabbarna är nu ett år äldre! Och vännerna jag inte har haft någon kontakt med öht utöver kanske 2 mejl under denna tid. Även vår tvåsamhet blir ju lidande av att alltid komma hem närmare nio än sju på kvällarna, och spara alla hushålls-måsten till den lediga dag som helgen brukar innebära. Ingenting är faktiskt viktigare än människorna! De som finns nära mitt hjärta konstant, men som alles för lite tid ägnas åt och med.

När hjärnan har tagit semester

Är för närvarande nästan bara två veckor tills vi landar i Sverige, och jag har massor att göra. Jobbar på två olika analyser på RNA-sekvenseringsmaterialet (ska det verkligen skrivas ihop? Jag är visserligen särskriva-skadad efter ett år på andra sidan Atlanten), försöker sätta mig in i hur en "small molecular screen" fungerar, och sen ska vi flytta om 10 dagar. Men jag har oerhört svårt för att koncentrera mig. Läser bloggar och både DN och aftonbladet, går och köper en brownie på en farmers market här utanför. Och skriver ett blogginlägg... Min hjärna tycks inställd på att det är sommar nu. Och dax för semester. Koncentrationen håller i ungefär 5 minuter åt gången.

Har en ansökan och en artikel att reviewa också. Ibland synd att jag inte har några arbetsuppgifter som inte kräver aktiv tankeverksamhet konstant.

Vart är jag på väg?

Att vara forskare är att vara entreprenör fick vi lära oss, och det stämmer till viss del. Du har (kanske) ett forskningsmål eller en idé du vill undersöka, men allt som oftast vet du inte vägen dit. Det kalls ju forskning eftersom ingen har gjort det förut.

Åt vilket håll vill jag ta min forskning?
Det beror ju på vad målet är, och det finns många: Jag vill helst komma fram till biologiskt viktiga resultat som kan leda till nya insikter, kunskaper och kanske även mediciner. Men målet är ju också att forma min personliga framtid, skaffa erfarenheter och kunskaper som jag behöver i mitt framtida professionella liv. Så i varje skede där det finns möjligheter att välja så måste jag väga in vart detta tar min forskning och vart detta tar mig. Efter dessa år här så vill jag ha kunskaper inom ett fält, hur nu fält definieras, och vara bra på det jag gör. Det är lätt när man är en hybrid såsom jag (computational biologist - en biolog framför en dator) att man blir inblandad, och även intresserad, av vitt skilda projekt och möjligheter. Men det gäller att gallra, du har inte tid att hålla på med oviktiga saker!

Mitt mål är att gå från genetiska associationer till känd funktion, och om detta leder till effektiva mediciner så skulle det vara fantastiskt. Vore extremt optimistiskt att tro att detta ska ske inom de år jag spenderar här, men tiden har ju i vilket fall aldrig varit bättre än nu.

Och bort med den jädra Jantelagen! Satsa högt och jobba mot det. Designa inte en studie som inte har potentialen att hamna i Science. Om den sen inte gör det för att fynden inte blev så bra eller andra saker hände längst vägen så är det så. Men om du inte siktar högt så når du i princip aldrig dit. Varför göra forskning om den inte har potentialen att vara revolutionerande? En princip som jag ska försöka jobba enligt.

strumpor och skor

Idag är det höst! Jag har iaf strumpor och skor på mig för första gången de senaste månaderna. Bara 18 grader i morse bannemig, snart höst med snygga skor och sjalar!

Förändringarnas tid

Att vara post doc är att under ett fåtal år forska arslet av sig. Sen fortsätta med detta iofs, men på en annan plats, ett annat labb. Oftast stannar man 2-3 år på ett ställe innan man drar vidare. Det betyder ju också att gruppen man arbetar tillsammans med ständigt förändras och en tredjedel av personerna byts ut varje år. Idag flyttar en av de närmsta hem till Italien, sorgligt.

Men om 3 år när vi bor hemma i Svea rike igen så kommer det finnas personer att besöka i alla delar av Europa - en väldigt positiv sidoeffekt.

Vi och Neandertalarna

Var ju snack om detta för ett par veckor sedan, att människor och Neandertalarne utbytte lite gener för länge sedan. Delar av detta arbete, som leddes av Svante Pääbo, gjordes även här på Broad och igår lyssnade jag på ett seminarium av detta. Om ni har läst artikeln så hittar ni inget nytt och intressant här.

Det jag tycker är intressant är hur det oftast (alltid?) är de enkla metoderna som tar en framåt. Och hur forskning egentligen bara handlar om problemlösning och att tänka kreativt. Här hade då forskargrupperna tillgång till gamla värdelösa benbitar (värdelösa för arkeologer eller antropologer då det var bitar av ben som inte avslöjade ngt om utseende eller liknande), allt som allt 89 bitar, de flesta från Kroatien. Innehåller dessa bitar ngt DNA överhuvudtaget? Nej, en minoritet, och den minoriteten innehåller DNA som är extremt degraderat. Och eftersom Neandertalarna är nära släkting så måste människorna som hanterar benbitarna inte lämna ngr spår av sitt DNA på dom. Vilket ju är skapligt svårt att undvika. Och de få bitar som innehöll DNA hade ju typ 0.05% Neandertalar DNA i sig, resten var bakteriellt. Och var skapligt nedbrytet dessutom, medellängden för DNA var runt 44 baser.

Men dom fick ihop ngn slags skiss på Neandertalar genomet ändå. Men extremt mkt hål och antagligen många fel. Så vad gör man med ett sådant dataset? Vi vill lära oss mer om Neandertalarna, och sådan information skulle säkerligen kunnat tas från genomet. Om inte genomet nu var så himla kasst. Så vad göra? Ganska många skulle ha gett upp i detta skede, dom hade bara en dassig skiss. Och det var ju till 99.7 % identiskt till vårt genom.

Men genom att istället för att utgå från en dålig skiss så använde dom det mänskliga genomet och visade på diverse sätt att vi européer har fått i oss en del Neandertalar-gen-material. (What do you mean by "gene transfer"? var en fråga som vi nördar i publiken skrattade gott åt. Kanske snarast för att han fick lite röda öron.) Så hur gjorde dom? En sak var att kolla på kända polymorfier i människa och fråga: Hur ofta har neandertalar DNAt samma bas som en europe/asiat och hur många ggr samma som en afrikansk person?

Enkelt.

obekväm hud

Jag nästan hoppas att ingen kommer lägga sin arm runt mig idag då jag är synnerligen flottig. Det kan vara Arthur, vår AC, som ger min hud nippran. Eller så är det det nya tvättmedlet eller sköljmedlet. Eller ett allmänt psykbryt av mitt största organ. Synnerligen obekvämt iaf.

sammanbrott

Efter att ha cyklat hem från jobbet i förtid (glömde sladden till datorn hemma) i strålande solsken och 32 grader så var jag rätt knäckt. Försökte jobba efter att ha kylt ner mig med Ben&Jerrys och Cola, men det gick sådär. Sen lyckades jag missa när L kontaktade mig på Skype. Tänkte att jag skulle ringa uppp snabbt innan hon hann gå och lägga sig, men fick lov att ladda in mer pengar på Skype-kontot. Men efter tre försök med det Amerikanska och ett med det Svenska bankkortet så gav jag i princip upp. Klockan var vid det laget efter midnatt hemma och L sov nog redan. Hur kommer det sig att jag inte har pratat med min bästa vän på flera veckor?? Fick ett litet sammanbrott och ägnade resten av dagen åt att slösurfa, kolla på House och äta ännu mer glass (efter det att jag gråtit klart).

Idag står ett besök på Yale med labbmöte på schemat. Vilket betyder att jag kommer få väldigt lite arbete gjort även idag. När hinner man arbeta ikapp när man oftast jobbar minst 12 timmar varje dag i vilket fall?

kaka!

Jag har glömt pluskan hemma. 87 cent får man inte en kaka för.

Göra professorer mer vänligt inställda

Idag sitter jag och fnular i Adobe Illustrator för att göra vackra bilder till en artikel jag råkade bli inblandad i. Inte världens rikaste dataset att analysera, men Dr. N är uppenbarligen immunologiskt begåvad nog att se mönster som vi nu illustrerar. Och jag hoppas att detta kan göra Professor U lite mer vänligt inställd till mig. Men eg. tror jag nog att han är en mansgris, och att det är delvis därför han helst inte kollar åt mitt håll ens när jag presenterar data för honom.

facebooketik

Alla är ju vänner med alla möjliga och omöjliga människor på facebook. Personer som gick i din parallellklass på lågstadiet som du inte hälsar på när ni ses på Rättviks marknad, personer du träffat en gång på en konferens, och what not.

Men det finns ett undantag: Man är inte vän med gamla pojkvänner. Eller gamla pojkvänner till mig vill iaf inte vara vänner. Jag tycker det är lite skrattretande att killen jag var kär i för 15 år sedan tycker att det är känsligt att vara vän med mig på fejan nu. Att killen jag var sambo med för 10 år sedan är vän med min gamla vapendragare, men inte med mig.

Människor är underliga.