onsdag 28 december 2011

Stupid and Inbred

Oh her highness, I heard you said in some interview, that "Feminism was something that did not suit you", like a pink dress perhaps, or maybe your just to stupid and inbred.

Jens Lekman – Silvia

tisdag 20 december 2011

Done with the Heartache!

Min fantastiskt begåvade vän Hansson har med sitt band Twinflower band släppt en video idag, och här får ni den. Lyckofladder i hjärtat!

måndag 19 december 2011

Hur skulle vi leva om inga konventioner och roller fanns?

Jag tycker det är otroligt bra att Pelle Billing blivit en så stark röst inom jämställdhet på sistonde, för vi behöver höra nya röster och intryck. Pelle tar upp "mansfrågor" utefter hur han upplever att mannen diskrimineras i samhället. Att småpojkar får lära sig att det är deras fel att det finns krig i världen som 6 åringar tycker rimligtvis (min värdering!) alla är groteskt. Har insett att vi dock tycker väldigt olika om många saker, kanske återkommer till det. Tidigare idag skrev Pelle:

"Det jag tror är att om människor verkligen får leva som de vill, utan pekpinnar, då lever många ganska traditionellt. Inte traditionellt så till vida att kvinnan blir hemmafru på heltid, men att mannen och kvinnan ofta har ganska könstypiska jobb och trivs med det, samt att kvinnan lägger lite mer tid på hem och barn."

Jag är tvärtemot totalt övertygad om att det inte skulle vara fallet. Om det inte fanns ett socialt tryck (om arbetstid och lön var jämt mellan könen, om alla barn hade lika söta kläder, om alla leksaker användes lika mycket av alla barn, i genomsnitt, om hälften av pedagogerna, lastbilschaffisarna och styrelseproffsen var män och andra hälften kvinnor, om båda föräldrarna tog ut lika mkt föräldraledighet) så tror jag att varje människa skulle ha mycket lättare att ta ett eget och helt fritt beslut om vad man skulle ägna sin tid åt. Friheten skulle vara så mycket större! Pojkar skulle inte få lära sig att hålla gråten inne och svinga sig högst i gungan, flickor skulle inte behöva lära sig att det viktigaste dom kan göra är att vara söta och gulliga mot andra. Tänk om vi en dag skulle kunna vara individer i första hand och inte uppdelade i de fullkomlig arbiträra facken "man" respektive "kvinna". DÅ, i denna utopiska framtid när jag kan vara mekaniker utan att höra nedlåtande skämt, när du som man kan baka en kaka eller vabba utan att vara "så himla dutti!", kommer vi äntligen vara fria! Det är värt att kämpa för tycker jag.



fredag 16 december 2011

Nya coola dataset, coolare tekniker osv i all evighet. Amen.

Snart dax att ta steget in på en ny arena för mig, ChIP seq data analys. Läser på om metoder och teorier, för det finns ju alltid en djungel. En djungel av miljontals program som diverse grupper och personer har utvecklat, allt för många för att det någonsin ska gå och utvärdera dem. Slutar oftast med en av följande alternativ:
# Jag har fram macheten och hugger ner första bästa metod som ser bra ut.
# Jag använder en metod som en kollega redan har använt.
Båda ungefär likvärdiga, den senare har fördelen att någon i min närhet känner till svagheterna och trixen. Men den personen i sen tur gjorde sitt val lika lättvindigt eller förvirrat som mig.

Och egentligen. Så länge det finns många utvecklade metoder så är nog de flesta ganska bra, eller iaf inte värdelösa. Och, ditt data bör vara starkare än de fluktueringar som olika metoder medför. Och det är ju inte varken den coola tekniken eller det coola analysen som är grejen, egentligen. Det är ju designen, målet, datat och resultatet. Om du har designat ett projekt som faktiskt kan svara på din fråga så spelar det ingen roll om du gör single cell RNA sequencing eller gammeldags microarray, resultaten kommer vara coolt i vilket fall.

torsdag 15 december 2011

Soulmates

När slutade folk sitta på toaletten och läsa?

Alla i min familj, många vänner, gamla pojkvänner, många var vi som tog med oss en bok in på toaletten. Och så satt man där och läste. Alles för länge alles för ofta, men ringformad rumpa som resultat. Men det var självklart, boken skulle med.

Men inte numera.

Idag ter det sig som en omöjlighet, aldrig att jag skulle ta med mig en bok. Varför skulle jag göra det, det är ju helt absurt! Och jag är också övertygad om att ingen annan heller sitter därinne och läser. Sure sure, folk surfar lite på sin smartphone och så kanske. Själv läser jag, i avsaknaden av smartphone, på innehållsförteckningar. Men bara så länge som behövs för att få själva behovet uträttat, sen drar jag. Att räka sitta 30 minuter på dass känns som en omöjlighet. Hade vi förstoppning hela bunten på 80 och 90-talet?

Så, är det jag som bara blivit en stressad tok som inte längre kan tillåta sig att sitta 30 minuter på muggen? (Men varför sitta där av alla ställen till och börja med!?) Eller var det aldrig så att alla tog med sig boken förr i tin?

Mötesplanering

På inget annat ställe än detta, forskningens högborg, har jag varit på lika värdelöst planerade möten. På inget ställe finns det bättre och mer inspirerande möten varje vecka också, iofs. Men varje torsdag, tex, sitter jag på ett möte som i nio av 10 fall består av att samma två personer sitter och diskuterar och planerar. Har alltid min dator med mig, som just nu, för varför är jag egentligen här?

tisdag 13 december 2011

Manliga Lucior och andra skönhetstävlingar

Jag kan också tycka att det är väldigt vettigt att även Pelle, 12 år , ska få väljas till Lucia. För tradition är bara tradition, och hur Lucia verkligen såg ut (blodig) vill vi ändå inte efterleva. (Å andra sidan är Lucia den enda helgon vi firar i Sverige, men säkerligen mest eftersom vi längtar och trånar efter allt som är ljust och kan lysa upp vårt vintermörker. Varför inte sluta?)

Men varför stanna där? Varför får inte män ställa upp i Fröken Sverige? Varför får inte kvinnor ställa upp i världens starkaste man tävlingar? Varför är reglerna i hockey annorlunda om det är människor med penis eller människor med vagina och vulva som spelar?

När det kommer till Luciafirande på dagis så kan alla gott vara Lucior. Men alla dessa skolans Lucia och liknande omröstningar är inget annat än populäritetstävlingar, oavsett om det är söta Tindra eller tuffa Anton som vinner. Och jag tycker inte det har något att göra i våra skolor.

onsdag 7 december 2011

Ett cykelminne

I min familj fick man sin egna "vuxencykel" i 11års åldern. 11 var det jag var iaf, gick i femman och skulle äntligen bli av med arvegodscykeln som alla systrarna har använt. Jag, nummer tre i skaran, valde en lila cykel med rakt styre och 5 växlar. Växlar, det var himla häftigt det. Min äldre syster hade en chockrosa med bockstyre och tre växlar. När hon får veta att jag fått en cykel med fem växlar blir hon jätteledsen och springer gråtande därifrån.

Och den chocken! Att min populära, snygga och fantastiska storasyster faktiskt kunde bli avundsjuk på något jag hade. Känslan var konstig, mest förvåning, men också glädje.

måndag 5 december 2011

Ovälkommet

Som en bakfylla kommer ett monster och tar över min kropp efter en väldigt trevlig helg. Hej frossa, huvudvärk och illamående! Att vara sjuk har jag ju inte tid men (nu heller).

fredag 2 december 2011

Men egentligen vill jag ju bara baka.

Börjar strukturera upp mitt nuvarande huvudprojekt, och det är bra. Jag sitter upp till näsan i halvgenomförda strategier, olika slutresultat efter 17 olika filtreringar och formateringar - dax att strömlinjeforma skiten.

Men det jag tänker på är lussebullar, knäck, kardemummakaka med knäckigt havretäcke, äpple och whiskey kaka med whiskey glasyr, munkar, vörtbröd, pepparkakor, fudge, och allt annat man skulle kunna baka.

onsdag 30 november 2011

Dagens i-landsproblem

Hämtade ut lite saker från apoteket idag. Lite läkemedel, mycket förpackning. Detta är nästan allt överblivet material från mina p-piller: brun ytterpåse, vit mindre påse, stor receptlappsgrej (ihopvikt letter size) och sedan är varje liten p-piller karta i sin egen stadiga hårdplast förpackning. Helt sjukt. Jag hade tur och får hämta ut hela tre månader i taget, sedan måste jag ringa in och få dem att skriva ut tre månader till och sedan hämta ut detta. Har hört att många måste gå igenom proceduren varje månad.

onsdag 23 november 2011

Sex säljer?

Linus Fremin skriver idag om hur kvinnliga popartister i väldigt stor utsträckning sjunger om sex. Min tanke har länge varit lite tvärt om, att många popartister idag har videor där kroppen exponeras och visas upp i förföriska poser, men där texterna ofta håller sig borta från riktigt sex (och där många amerikanska artister dessutom gör en grej av att dom minsann är oskulder och rena ända in i själen..). Men r’n'b kvinnorna har med ökad intensitet levererat musik och videor där allt osar sex, där skinkorna gärna ska visas och brösten dallra i takt med beatsen. Men behövs det verkligen? En av anledningarna till att Robyn är så fantastisk är att hon inte poserar med särade läppar, djup urringning och putande rumpa, utan levererar sin musik med hela själen och kroppen utan att sälja ut sig. Därmed kan hon även sjunga om sex, och det fungerar, det är kul, det har glimten i ögat. För mig var droppen Rihannas video med Eminem, där han rappar i dunkelt ljud och dova färger i ett sädesfält med vanliga kläder, medans Rihanna står i trosor och BH och öppen skinjacka, hårdsminkad framför ett brinnande hus. Varför?

måndag 21 november 2011

Let the Holiday season commence!

Första dagen på Thanksgivingveckan, start på holiday season. Visste ni att Thanksgiving är den största helgdagen här i staterna? Slår julen med hästlängder, gatorna är öde och alla studenter åker hem.

Imorgon kommer en kär vän från Svea rike på besök. Och vilken tajming! Thanksgiving, black friday och dagar där vi faktiskt kommer vara lediga. Igår köpte vi kalkonen, pekannötterna är redan inköpta liksom cranberries. I år ska det till och med bli stuffing i vår kalkon! Amerikaniserade så det förslår. 40 dagar kvar av året (J har nedräkning), 40 dagar tills vi flyttar från Boston, 40 dagar där vi ska äta kalkon, peakan pie, apple pie, julgodis, lussebullar, pepparkakor, vörtbröd, köttbullar, apelsiner. J gjorde glögg i lördags, så nu står två flaskor i kylen. Veckan ska spenderas med shopping, vindrickning, glöggdrickning, kakätning, thanksgiving, pratfest! Och lite kultur också. Pepp på det!

söndag 20 november 2011

Att vara vacker

Varför bryr vi oss så mycket?
Varför är en kvinnas främsta egenskap hennes utseende? Men, så är det väl inte längre..? Gratuleras män fortfarande för att dom har en vacker fru? Tittade just klart på Twin peaks serien som jag inte sett tidigare, och trots att det abrupa och otillfredställande slutet lämnade lite sur smak, så gav andra delar av serien sura uppstötningar. Där alla kvinnor enbart uppskattas och är attraktiva som partners för att dom är så vackra. Det var de enda kommentarerna som gavs, till kvinnor och män emellan när dom pratade om sina kvinnor. Det är så gammalt, malätet och nedvärderande för alla inblandade. Fick en gång frågan om jag skulle välja utseende eller smarthet, och jag är helt på det klara med att mitt svar är min hjärna. Idag är det ett självklart svar, trots de svackor jag har. Men som tonåring, eller som spinkigt barn i lekis som tyckte hon var för tjock? Antagligen inte. Och det är ju helt sjukt.

Den här videon är helt abnormt stark. Se den, och begrunda. Vilka kvalitéer är viktigast hos dina vänner och dina barn? Fokusera på dem. Visa vad som är viktigt!

Videon hittade jag hos Lady Dahmer, läs hennes inlägg också. Fasiken, läs det mesta hon skriver!

torsdag 17 november 2011

Obekvämt skal

Vissa dagar är jag bara obekväm i mig själv, rent fysiskt. Så himla onödigt egentligen, att reagera på att jeansen inte sitter så snyggt över rumpan längre, att tröjan inte faller så fint, att håret år för långt och odefinierat. Idag lyckades jag även ta på mig en tröja med flottfläckar på magen. Min kropp funkar ju, den fungerar alles finfint, jag är rätt stark, jag är frisk.

Pendlar mellan två stadier. Dels att tycka att det är så himla onödigt och slöseri med tid att haka upp mig på min kropp. De där fåtal kilon jag vill gå ner, den där kampen jag vill utkämpa mot gravitationen och åldrandet. För det är inget större fel på mig! Och det går att klä sig snyggt, hitta kläder som passar till den här kroppen jag har, uppskatta de höfter och den midja jag har, visa att det rockar det också. Andra gånger känns det så otroligt onödigt att inte bara skärpa sig, gå ner de där två kilona, träna så mkt som jag egentligen vill göra och sluta äta massa gotte. Det är ju egentligen inte så mkt förändringar jag behöver göra, men jag skulle vara snyggare, och dessutom skulle mina kläder passa igen. Onödigt att liksom inte bara fixa det. Den här obekvämheten, som jag känner idag bland annat, tar alles för mycket energi. Jag har så otroligt mycket bättre och intressantare saker att göra.

onsdag 16 november 2011

Och så regnar det också.

Dåligt med träning, inte det bästa födointaget och ett lass stress. Summa summarum inte en alles glad Boel idag.

Min rutin här i NHV verkar vara att gå upp och duscha, och sedan äta havregrynsgröten framför datorn: DN, lite bloggar med sedan jobb. Dröjer kvar hemma och dricker upp teet för att hinna med ett par steg av analysen. Går till jobbet, är kvar tills 18, typ. Går hem, äter något framför datorn, äter en obscen mängd popcorn, jobbar till 23.

Trött.

tisdag 15 november 2011

Tidens olidliga hastighet.

Femtonde freaking November! Visst att tiden går fortare och fortare när man blir äldre, men det här är absurt. Om 1,5 månader åker vi hem till Sthlm, J flyttar hem och jag bara besöker. 1,5 månad, sen är vår gemensamma USA-vistelse över. Det är sorgligt och tungt.

Men jag hoppas att tiden efter detta, efter att jag flyttat hem också, blir annorlunda. Jag har insett att jag aldrig landar, aldrig slappnar av, aldrig njuter av nuet - något som jag egentligen brukar vara bra på. Vi har haft många besökare här, ska hinna med två till innan vi flyttar, men jag är aldrig riktigt där. Tragiskt att ha familj och bästa vänner på besök och alltid vara någon annanstans i tankarna, alltid vara stressad. Faktiskt inte kunna uppskatta det. Jobba mycket kommer jag och vill jag göra, men utan balans och andra höjdpunkter som går igenom blir det ganska värdelöst.

Mina sista månader i USA kommer bli än mer jobbfokuserade, blir enkelt så här i New Haven i avsaknad av J. Det är ju positivt, eftersom jag har så mkt att göra, men så himla negativt. Men saker rör iaf på sig jobbmässigt, det är dax att göra det värt det och faktiskt få ut något av detta förutom "upplevelsen".

onsdag 9 november 2011

Iaf till öronen.

Planerar projekt och frågeställningar. Riktigt roligt, och kul kollegor att arbeta med. Men undrar hur djupt vatten jag slänger ut mig på. Öppet hav kanske. Men mitt default för att hantera det är, som alltid numera, total förnekelse och ta problemen som dom kommer, i mindre tuggor. Kanske inte kommer bli speciellt svårt alls - men det gäller att inte fördjupa sig i, eller ens tänka tankarna, om hur djupt vatten jag befinner mig på.

Men också, så himla kul!

Bra låt

måndag 7 november 2011

Programmerade för att motarbeta mig!

Allvarligt, det finns inte ett enda program i denna bioinformatik/biostatik/whatever vars utvecklare jag inte varit i kontakt med. Alla utvecklares mardröm: Boel! Eller dröm, om man brinner för att ständigt utveckla sitt program. Men de allra flesta fick ju, som oss alla andra, lov att lösa ett problem och har egentligen ingen vinning i att hjälpa mig. Men jajajaja, alla är oftast ofantligt hjälpsamma och det är fantastiskt underbart att dom alla finns och att programmen finns och så vidare och vidare.

Men varför får jag alltid konstiga resultat? Varför hittar världens bästa caller osannolika indels i mitt data, varför får jag en avstånd mellan reads i storleksordningen 200 000 baser, varför ger min pileup av baser upphov till den konstiga annoteringen, varför tar det där steget som ska vara så jädra snabbt 183 timmar för mig, varför vill jag veta alla möjliga och omöjliga detaljer om allt allt allt? Men, inte ens när jag kör allt i default funkar det ju som det ska. Varför är det aldrig enkelt!?!

söndag 6 november 2011

En tugga i taget.

Om två månader flyttar vi från Boston. Olikt andra flyttar jag gjort, kanske för att det alltid varit tillfälligt här, så att flytta är bara logiskt. Känns dock tråkigt att jag inte kommer flytta hem än, att det ännu finns så mycket att göra klart. Faktiskt leverera, faktiskt genomföra och slutföra. Har lagt i en högre växel, och hoppas hålla den uppe i det nätta året som är kvar. Men tankarna finns i framtiden, i möjligheterna och ovissheten. Funderingarna på vilka frågor jag vill besvara, vilka jag vill jobba med, vilka personer har liknande tankar, vilka verktyg jag framför allt tror mig kommer använda. Idéerna blir skarpare, byggs på, slipas. Men ännu en grå massa, där mycket av osäkerheten beror på bristen av kunskap om vilka resurser som finns, hur möjligheterna ser ut, vad andra jobbar med, hur det skulle fungera politiskt. Men att arbeta fram en plan, en del initiala projekt, klura ut svagheter och styrkor, faktiskt ha det på fötterna när i vinter pratar med folk hemma i Stockholm borde vara en styrka.

onsdag 2 november 2011

Löjligt billigt.

Jag reser mellan Boston och New Haven regelbundet, och allt oftare. Numera reser jag med ett bussbolag, megabus, och för varje resa betalar jag den löjligt låga summan $1. Hur går det ens ihop!?

Jag reser förvisso på Måndagar och Onsdagar oftast, inte Fredagar och Söndagar. Men iaf! Skillnaden mot Amtrak, tåget, är $36 per resa, minst. Och på bussen finns internet som oftast fungerar, medans Amtrak inte har internet. Nämnde jag att bussen och tåget dessutom tar lika lång tid?

Jag kan ju ge upp att klaga på att resa är dyrt i det här landet iaf.

måndag 31 oktober 2011

En morbid unge

Jag gillade att rita när jag var liten. Allt möjligt ritades av, och jag var ganska duktig. Men nu när jag tänker tillbaka så minns jag att det fanns två teckningar som jag ritade om och om igen. Hur ofta vet jag inte, oftast ritade jag nog annat. Men motiven är värda lite reflektering.

Teckning 1: Flygplanet.
Längst upp i teckningen, bland molnen, finns ett flygplan. Något har gått fel med flygningen och människor måste hoppa ut. Men istället för att hoppa så hänger sig den första personen fast i flygplanskroppen men båda armarna. Nästa person jag ritar dit gör samma sak, och efter ett tag måste människorna hänga i fötterna av de personer som redan hänger där. Slutresultatet är ett rutnät av streckgubbar som hänger under ett flygplan, där bildytan som människorna tar upp är mer än dubbelt så stor som själva flygplanet.

Teckning 2:
Det mesta av bilden är en vertikal genomskärning av marken, och man ser en stor grop högst upp, och sedan mindre tunnlar och smågrottor som vindlar sig längre och längre ner i marken. Längst ner finns en större hålighet. I den stora håligheten droppar det ner blod. Blodet runner ner genom tunnlarna. Över gropen, ovan marknivå, har en person precis blivit avrättad, blodet droppar ner i gropen som är halvfull av blod. I en hög brevid gropen ligger en hel hög av lik. Tömda på blod.

Förutom att jag hade lite dålig koll på det här med kommunicerande kärl så måste jag nog säga att jag är lite orolig över den psykiska hälsan hos den 8åriga jag.

En förebild

Ann Petrén är ju helt underbar. Det här lilla klipper från Guldbaggegalan är så bra, och belyser strukturer så mycket att jag blir pirrigt glad. Så himla kul!

söndag 30 oktober 2011

Dripp droppa snabbare tack!

Ute är det plötsligt snö, och jag är i New Haven med min tunna trenchcoat, sommarskor och inga halsdukar, mössor eller vantar. Fail. Jag får helt enkelt stanna inne idag, trots det vackra vädret, och hoppas på att temperaturen stiger ytterligare några grader tills imorgon.

onsdag 26 oktober 2011

+ / -

Började på en lista över pros and cons, och inser att denna lista kan nog appliceras på alla problem i princip.

-
tar tid
svårt

+
behöver göras
behöver lära mig

Slutsatsen är väl given, egentligen.

Stor måltid avklarad.

Hade fått för mig att jag var okapabel att spendera 17 h per dag på att jobba om det verkligen krävdes. Men det var inte sant! Nu är min poster ivägskickad och jag bör ta mig an nästa berg, nästa elefant. Är ju fortfarande samma elefant, eller förra elefantens mamma snarare. Men inte samma stress, behöver inte vara klart om 2 veckor.

Men behöver vara klart snart. Resultat resultat, jag tillber dig!

onsdag 19 oktober 2011

Vita för svarta!

Tänk dig det som banner.

Undertexten lyder:
Vad skulle få Briney Spears att prata om vikten av nyttig mat inför en kamera? Eller inspirera George Bush att tala sig varm om regelbundna besök till vårdcentralen? Men, vita personer älskar svarta personer, och det finns en hel gemenskap av dem som står bakom sina favorit-negresser i deras kamp mot ökad barndödlighet! Vita för Svarta Nu är ett initiativ skapat av ....

Visst låter det helt avskyvärt? Insinuerar att det är uppseendeväckande att de högre stående "vita" absolut vill och kan kämpa för den här andra gruppen, de med mörk hy. Att det har en speciell mening att just vita är beredda att kämpa för just de mörkhyade.

Men ändå är det här en retorik som om och om igen används om kvinnor som grupp. Inspirationen till detta kommer från Threadless som har en utmaning just nu, att designa en T-shirt för "Men for Women Now" kampanj.

Visst är det fint att även gruppen med snopp och mycket lägre prevalens av bröstcancer vill kämpa mot bröstcancer.

Och visst är det fint att även vi med ljus hy, och lägre barndödlighet, vill att den höga barndödlighet hos afroamerikaner ska sjunka.

Men tonen är nedlåtande mot gruppen "kvinnor". En ton som inte skulle accepteras om grupperna var indelade enligt något annat än just könstillhörighet.

Orginaltexten lyder:
What would compel Jack Black to get a mammogram on camera? Or inspire Zach Galifianakis to speak to women about the breast thing they can do for their health? Well, men love women and there’s a whole community of them rallying behind their favorite ladies in the fight against women’s cancers. Men for Women Now, an initiative created by stage IV breast cancer survivor Noreen Fraser, is an online community and resource center for men with wives, sisters, mothers, and friends with cancer. Your challenge is to create a t-shirt design for the organization to empower and educate men to support the women they love.

tisdag 18 oktober 2011

Stort S.

OK, där kom den. Stressen med stort S.

Min analytiska plan fortsätter att utvecklas och fler och fler steg läggs till vartefter jag tar in ny kunskap och diverse tips och råd. Måste ladda ner data från 1000 genomes, måste köra en viss analys med vissa annoteringsfiler som jag måste ladda ner, måste igen och igen vänta på jobb som inte launchas (hej svengelska!), återigen hänger sig PBS. Och jag inser att om 8 dagar måste jag ha en poster att printa, senast!, och jag har inte några resultat alls än. Och världens vackraste och bästa och underbaraste fyller år imorgon. Bra sambo jag är. Och min jädra förkylning är en seg rackare. Hej Ibuprofen! Hej Godis!

Anna erövrar Potugal

Anna Ihlis är med i ett portugisiskt musikprogram. Och jag bara gilla gilla gilla!
I hela Gagnef är/var ju rätt många fler är 50 pers iaf!

Utan google voro jag intet

Iaf inte forskare med verktygen genetik, statistik, bioinformatik och programmering. Nästan allt jag kan har jag lärt mig genom alla fantastiska forum, all dokumentation som utvecklarna lägger ut, och blogginlägg från fellow reserachers. Fantastiskt.

måndag 17 oktober 2011

Jag hade rätt, såklart.

Vi kör en vända till i klagosången. Himla tekniskt och torrt blir det nu för folk som inte arbetar med sekvenseringsdata från Illumina.

Av oklar anledning fick jag mitt data från vår core i export.txt format. Av självklara själ behöver jag veta hur kvalitén av varje bas kodas i mina fil, detta använder jag i senare steg. Och Illumina har alltså tre olika format för att koda detta. Jag frågade min core vad dom använt, och svaret var CAVASA 1.8 där kvalitén kodas som ASCII + 33. Detta innebär att illumina-basers kvalité kodas av ASCII 33-126, men inget rådata har någonsin högre kvalité än 45 (=78 i ASCII). Jag däremot hade siffror som gick från 66 till 105, vilket inte alls överensstämmer med phred+33...

Mejlar coren och frågar, och får två gånger svaret att datat är i phred+33. Men till slut mejlar dom sin fields specialist och frågar. Och det visar sig då att CASAVA 1.8 ger dig fastq och bam filer i phred+33, men qseq.txt och export.txt (som är menat att vara interna format) kodas i phred+64.

Kontentan:
# Illumina kodar sina kvalitéer på två olika sätt i samma program.
# Min core har inte koll på detta.
# Min core skickar mig export.txt när fastq och bam, de format som klassas som standard, faktiskt produceras och är menade att ges till kunden.
# Jag inser detta. Och måste ligga på och mejla och fråga upprepade gånger för att få det bekräftat.

Jag borde debitera dem för min tid.

Uppdatering: Eller så kan man anse att detta är mitt fel. Varför ska jag vara så himla noggrann?!

söndag 16 oktober 2011

Länkkärlek

Another cyborgmanifesto skriven en kommentar till det faktum att alliansens tagit bort jämställdheten i föräldraförsäkringen som mål. Bra skrivet, och ur ett perspektiv som jag inte sett frågan i tidigare. Hur man som gift kvinna plötsligt ses som en barnmaskin. Och att kvinnor i allmänhet tjänar 3,6 miljoner mindre..

Min egen kommentar var kort och gott: "Tråkigt och onödigt. Anser alliansen att vi inte behöver hjälp och påtryckningar för att bli jämställda?". Innan fördelningen över lag är 50% per förälder så kommer arbetsmarknaden, såklart, inte bli jämställd. Varför skulle jag som arbetsgivare välja en person som med stor sannolikhet kommer vara borta två av de fem kommande åren? Nej, det skulle jag inte. Och det har jag all förståelse för.

lördag 15 oktober 2011

Dödssynder för sekvenserings centra

Jag är bra på att uppmärksamma och störa mig på specialinstitutioner, såsom sekvenserings faciliteter, som inte klarar av att smidigt utföra sitt jobb. Oftast är det kontakten med oss kunder som fallerar. Kommunikationen, så att säga.

Prover sekvenseras (genotypas, masspekas, whatever) och du får en vacker dag ett mejl i inkorgen: "Your data has been posted!".
Jippie! Eller hur.. Nu börjar striden.

Steg ett. Hur laddar man hem datat? (Måste man använda Fetch, måste man vara inloggad med VPN, måste man skriva in en specifik kod för varje prov?)

Steg två. Vilket format är datat i? Vilka steg har personalen på centret redan tagit? (Har barcodes tagits bort, är sekvenser med bara "N" redan borttagna?) Ofta får du ditt data i något slags format som det kommersiella programmet kan producera, ett av de 14 möjliga formaten alltså. Så nu påbörjas första vågen av konvertering och formatering (30% av min tid. Minst!).

Steg tre. Hur stora var fragmenten som sekvenserades? Vilket protokoll användes?

Steg fyra. Min huvudvärk idag för övrigt. Vilken version av illuminas pipeline användes för att behandla mitt data? För det är ju nämligen så kul att det finns TRE (3) olika format för hur kvalitén av varje bas skrivs. Vi har illuminas pipelines upp till 1.2, sen har vi illuminas pipeline 1.3 tom 1.7, och sen har vi senaste varianten, 1.8. Och hör och häpna! I denna senaste variant är faktiskt formatet för kvalitétspoängen samma som det ursprungliga icke-Illumina formatet! (Grattis Illumina, ni är idioter.) Och det är ganska stor skillnad om en bas har kvalitén 2 eller 35, typ skillnaden mellan skit och bra, skillnaden mellan att 62% av mitt data är skit eller inte.

Som ni kanske gissat fick jag i detta fall ingen av dessa essentiella bitar av information av just denna core facilitet. Får man någonsin all information man behöver?

Så hur kan det vara så förbannat svårt att informera sina kunder om detta? Inte ens en gnutta social kompetens behövs, bara ett dokument på hemsidan som länkas i ett mejl till mig. För nej, bara för att det faktiskt finns beskrivet någonstans (om du går in under fliken About, sedan personal, klickar på lab managerns CV länk, skriver in adressen till hens privata hemsida, där hittar adressen till en wiki - tada!) så betyder det inte att jag magiskt kan hitta det.

fredag 14 oktober 2011

Studentikos nostalgi

(Bild av Anemone Nemorosa, märkesbacken (campus Valla) i sin fulla glans.)

Har en kusin som denna termin började plugga i Linköping. Att se hennes nolle-p och alla bilder från början på livet där är roligt och skrämmande. Herregud så länge sedan det var! Vad roligt det var. Omtumlande att flytta hemifrån. Så himla skönt. Har aldrig i mitt liv lärt känna så många människor på så kort tid. De där första tre veckorna satte spår i nivå med ett år. Men också en otrolig bubbla. Helst för mig som egentligen totalt tappat kontakten med de flesta jag spenderade mina fyra linköpingsår med. En sån klassisk student, flyttade aldrig från Ryd. Toffel, småfet och ännu oinspirerad och understimulerad. Drack för mycket i perioder, åt för mycket pizza och för mycket kladdkaka och äppelpaj. Finns mycket bra och mycket dåligt i de där åren, men så himla glad att jag var där. Den exponentiella utvecklingen började där. Min personliga utveckling, och min insikt om att det gick att klara av mer, göra mer, vara bättre.

Men också människorna. De jag inte har kontakt med idag, och de jag fortfarande ser och hör av emellanåt. Det var ett väldigt roligt gäng jag rörde mig med. Och många på riktigt fina människor. Tråkigt att jag var, och fortfarande är, så dålig på att hålla kontakt. Och alltså Linköping, min studentstad, den är fin den!

Så lycka till kusinen!

onsdag 12 oktober 2011

just a spoon full of sugar

När jag är krasslig, förkyld och skrutten, då vill jag bara småäta sötsaker konstant. Blir jag piggare? Under de sekunder godisbiten eller kakan är i min mun, och ett fåtal sekunder efteråt - ja. Och kliet och obehaget i halsen blir såklart bättre. Mat går också bra, iofs. Äta helt enkelt. Men helst godis och kakor. Det är väldigt onyttigt att vara sjuk.

tisdag 11 oktober 2011

Det finns alltid mer att lära.

Ofta finner jag mig själv i situationer där min kunskap är begränsad, där det finns oändligt mycket som det vore bättre om jag kunde. Mer bash, bättre python, bättre R, mer Java, mer perl, något C++. Just nu brottas jag med XML konfigurering, scheman och instance documents. Allt för att bättre och smidigare lösa de problem jag har framför mig. Kunna använda de hjälpmedel som kanske finns, men som inte är beskrivna eller annoterade.

Och känslan av hjälplöshet. Är jag ensam om den? När min kunskap är för begränsad för att faktiskt fråga personerna som utvecklat programmet, när frågan är för specifik för att vara min IT supports ansvarsområde, när jag inte arbetar med någon som använder dessa verktyg. Google är min bästa vän, men för de flesta verktyg finns väldigt lite information ens där.

Vi är många i denna situation; vi som arbetar till 100% med analyser men som inte är datavetare eller ens statistiker i grunden. Vi som sitter med den biologiska och analytiska förståelsen, men där själva genomförandet, programmeringen, inte är vår främsta kvalité. Nu ska jag bygga en pipeline för att hantera DNA sekvenseringsdata för familjematerial, tex. Och ja, jag tycker att jag är rätt person för att arbeta med detta, jag tycker alla vi databundna biologer är helt essentiella, men luckan finns ändå här. Fältet har inte riktigt accepterat att vi finns här, tycker antagligen inte att vi borde bära den här rollen. Men när sekvenseringskostnaden sjunker snabbt som attans, när alla labb genomför projekt där now-generation-sequencing används, då måste alla också inse att det inte finns tillräckligt med rena programmerare och statistiker för att analysera allt data, och att proportionen biologer vid datorer som genomför avancerade analyser bara kommer att öka. Och att det faktsikt är en del av biologin.

tisdag 4 oktober 2011

All play no work makes Boel a .. ?

Finbesök från Sverige, mycket aktiviteter men idag försöker jag skyffla lite jobb. Senare kanelbullsbak!

onsdag 28 september 2011

Stressfylld väntan.

Kontrasten i att ha så himla mycket att göra, men tvingas att vänta.

Fick äntligen DNA sekvenseringsdatat för mitt epilepsi-projekt, och nu måste jag jobba igenom det snabbt. Ska presentera resultaten om 30 dagar. Nämnde jag att jag faktiskt aldrig gjort detta innan?

Äntligen fått till ett script som förvandlar de 14 filerna i illuminas export format till de fastq filer jag behöver (problem med wildcards...). Så nu väntar jag på att jobben ska bli launchade på servern. Men det går så långsamt! Och kommer ta tid efter att dom väl startar.

Andra projekt eller delar köar också på klustret eller är tillfälligt på hyllan. Stressen i att ha så himla mycket att göra, men inte ha datat. Kanske är nyckeln till framgång, iaf delvis, att ta tillvara på den här tiden och göra andra vettiga saker. En figur kanske. En forskningsplan eller idé kanske. Kolla upp en av alla de där sakerna som man borde göra lite snabbt, men som man inte kommer ihåg när man har en timme "över".

USA vs Sverige

Det jag upplever som fördelar och nackdelar med att bo i USA (Boston) vs Sverige (Stockholm):

Pro USA
+ Total frånvaro av Jante. Det är bra att vara duktig och visa det, riktigt talangfulla människor kan snabbt göra karriär. Detta gäller kvinnor som män, utlänningar som amerikaner.
+ Väldigt mycket mer pengar till forskning, det går att göra många och dyra projekt.
+ Mer "go", mer verkstad mindre snack.
+ Billigt att äta ute, och många roliga restauranger.
+ Med bra utbildning kan du tjäna mycket pengar (post doc lönen är typ samma dock).
+ Variabiliteten! Alla etniciteter, storlekar och kulturer finns här!
+ De flesta helgdagarna har ingen religiös anknytelse (utan handlar om USAs historia).
+ Vissa saker är väldigt mycket mindre fyrkantiga och byråkratiska. Tex säga upp internetabonnemang eller gym-medlemskap - ingen uppsägningstid.
+ Amazon. Här kan man köpa allt.
+ Billigt med fikabröd. Ganska negativt dock...
+ Tävlingsinstinkten - här tävlas i allt, och det daltas inte om det. Alla puschas mer och mer, det är inte jäätteduktigt att du lyckats komma till gymmet en gång, kom varje dag! Bra/Dåligt?

Pro Sverige
+ Familjen, Vännerna.
+ Livskvalité är viktigt, alla förväntar sig att ha ett OK liv och inte slita ihjäl sig.
+ Social trygghet - sjukvård, etc.
+ Föräldraledighet.
+ Inte ens i närheten av lika sjuk politisk debatt.
+ Kvalitén på byggnader.
+ Jämnställdheten. Den är inte nära total, men sjukt mycket bättre än i USA och de flesta andra länder.
+ Etiska diskussionen runt forskning har kommit längre, och är i min mening bättre.
+ Mer diskussion och kristiskt tänkande i planeringen av forskningen (positiv sidoeffekt av mindre pengar).
+ Alla olika sorters mjöl.
+ Gott och billigt bröd i affärerna.
+ Kakaon smakar mycket.
+ Brunch! Svensk brunch i form av buffe med getost, våfflor, köttbullar och bröd går inte att slå.
+ Godis.
+ Mer intresse och kunskap om världen utanför hemlandet.

fredag 23 september 2011

Running out of memory.

Hårddisken är full, min hemfolder på servern är full, min dropbox är full, hjärnan är full och luften är full i alla bollar jag försöker hålla uppe.

Men, flow.

torsdag 22 september 2011

Arbetstimmarna

Nature publicerade i Augusti två artiklar där typexempel på två olika sorters lab presenterades (namnen jag ger återspeglar väldigt tydligt min syn på saken):
Roboten - där 20 h om dagen eftersträvas och socialt liv undanbedes.
Balansen - där även forskaren tillåts ha ett rikt liv utanför forskningen.

I tidningen finns även en editorial som verkar säga att om man ska bli framgångsrik som forskare så måste man jobba mycket, alltså 24/7.

Kommentarerna till alla tre är roliga att läsa. Jag kan för mitt liv inte förstå hur Quiñones-Hinojosa är stolt över att hans lab undviker honom i korridoren och att han missat sina barns uppväxt (dom trodde att han bodde på labbet).

Jag tycker att man ska ha stora mål som forskare, jag vill inte spendera min tid på detta om jag inte gör något som är intressant och som kommer ge intressanta resultat som gör skillnad. Om man vill det, arbeta 110 timmar i veckan, julafton och nyår så får man gärna göra det. Och visst hinner jag mer en dag där jag har flow och jobbar 13 timmar. Men forskning är en kreativ sysselsättning. Tiden, och ron, att fundera, analysera, debattera, diskutera måste finnas. Annars hinner du inte göra annat än att timme efter timme följa protokoll. Och allvarligt, så länge det inte är det enda målet med mitt liv så vore det korkat att spendera hela mitt liv och all min kraft och inspiration på det.

Och massa blogg-poster som följer upp detta! Ett par exempel: Blather, Jenny, Bonnie,

Ryckningar och svartkonst

Har ryckningar i ögonlocket efter för lite sömn (korrelationen är nästan total) och läser ett blogginlägg om den svartkonst som ingår i cellbiologi-fältet. Det första sjukt störande, det andra roligt.

onsdag 21 september 2011

Meningen med livet

Vad är egentligen meningen med ditt liv? Frågan slog mig, vad är målet jag arbetar mot? Vad är det som gör det hela värt det?

Om man nu tänker sig att man börjar skriva av en del av de andra målen: Utbildning - check. Karriär - Jobbar aktivt på det. Bekväm i mig själv - bättre än någonsin tack. Livspartner - Japps. Vänner - Flera, och jobbar på det.

Och det klassiska svaret: Barn.

Men seriöst, är det det enda som finns kvar att satsa på? Alla gör det, och det känns självklart och enkelt. Jag, vi, älskar (snälla och roliga) barn. Men är det skaffa avkomma som är meningen med mitt liv? Känns lite som att ta en enkel utväg, göra det andra gör, skaffa sig ett liv som kommer vara fullproppat av detta ansvar. Ju äldre jag blir desto mer tänker jag att det finns andra saker jag vill göra, det finns vänner jag vill ha tid till, en värld att ta hand om, syskonbarn att älska, platser att besöka, forskning att föra framåt. Varför känner så många, även jag tidigare, att ett liv utan egna barn är fattigt och ofullkomligt? Det är en inskränkt och rädd känsla. Skulle dit liv vara utan mening om du inte hade barn? Se dig omkring, se de människor som finns runtom dig. De skulle kunna vara dig nära, vara viktiga.

En framtid utan barn skulle vara svårare, livet skulle behöva fyllas upp av andra saker, mina saker, våra saker, intressen och projekt. En framtid utan barn skulle innebära att jag kunde leva för mig själv och andra mer. Vara en bättre dotter, partner, syster, moster och vän. De relationerna förtjänar också omåttligt mycket kärlek och omtanke, att ha ett barn är inte allt.

fredag 16 september 2011

Kasten

Ena timmen förkrossad över hur livet kommer att se ut det närmaste året. Oöversiktligt mycket jobb, till viss del utan Johan, i New Haven, i en lägenhet med rumskompisar som om jag vore nitton, inte 31. Slitet detta kommer innebära, fysiskt, psykiskt. När jag mest av allt vill vara där jag hör hemma, där skogen finns nära, där jag kan läsa människor, där livet är värdigt och menat att vara gott. Där mina vänner och växande familj finns. Där mina bästa vän kommer finnas, han som jag är så van vid att ha nära, han som förstår mig utan att jag förklarar speciellt mycket, han som tänker som jag, som jag kan vara löjlig och barnslig med, som jag kan vara såhär ofantligt förälskad i utan att ens vara rädd.

Andra timmen peppad, inspirerad över det jobb jag ska utföra under kommande året, glad att jag får göra detta, inspirerad till att prestera mitt yttersta. Och yttersta kommer att krävas om jag ska ro detta iland.

Ljuset i slutet på tunneln, ett riktigt hem, ett liv på riktigt.

onsdag 14 september 2011

En försenad 30års kris..?

Undrar vad sjutton jag ska göra av mitt liv, vad det är jag kämpar för och om det är värt det. Samtidigt är varenda jävel gravid, gifter sig och köper hus. Fasen!!!

Åskbarometer?

Har sedan måndags dragits med en jobbig huvudvärk som bor strax innanför pannan. Vädret är varmt, tungt och fuktigt. Det verkar som om huvudvärk är något jag får dras med så snart det borde åska. Men inte 17 kommer det någon åska inte! Kanske imorgon här i NHV. Förhoppningsvis idag i Boston där det ska bli 29 grader. Hoppas det har lättat tills jag kommer hem ikväll.

söndag 11 september 2011

Följderna av Irene



Ett stort vackert träd föll i koloniområdet i the Fens. Numera hukar man sig för att komma under. När jag gick förbi igår höll stackarna som har den ena lotten under det liggande trädet på att försöka röja upp. Klippte av små grenar etc. Men när ska någon ta bort trädet? Och, vem är denna någon? Med tanke på att det nu gått två veckor sedan stormen får mig att misstänka att ägarna till lotterna helt enkelt är ansvariga. Men vilken privatperson han lätt ta bort ett träd med en diameter på 1,2 meter?

Leveransen av vårt sekvenseringsdata blev även försenat. Uppenbarligen så fungerar deras pipeline extremt långsamt efter strömavbrottet. Körningar som tidigare tog timmar har nu rullat i två veckor och blir inte klart. Så vi väntar vidare..

Motsatsen till flow

Är inne i en tråkig trög och oinspirerad period. Det enda jag egentligen vill göra är träna, hårt och mycket. Antar att det tyder på att jag har ett rejält mått frustration och energi lagrad som jag inte gör av med.

Även fast jag gör saker, trevliga saker, roliga saker, konserter och fika med vänner så känns det likadant. Som om jag inte gör något, inte kommer framåt, bara duttar i allt. J jobbar mycket just nu, såklart, helgdagar som vardagar, och jag känner att jag också bör göra det. Så jag sitter här, men kommer ingenvart. Iaf inte snabbt nog. Lite analyser där, lite skriva där, dutt dutt. Lägenheten behöver städas, tvätten behöver tvättas, matlådor behöver lagas. Men jag har ingen lust att ta tag i det själv. Och jag behöver ju jobba. Behöver avsluta projekt, behöver få klart analyser. Men alla dessa error-meddelanden, alla dessa nedslående och oväntade resultat trycker ner mig ännu längre i anti-flow känsla. Hoppas att det vänder snart.

lördag 10 september 2011

9 11

10 år sedan i en stad några mil från mig. Går inte att komma ifrån, här är mina tankar. Alla vi kommer ihåg vad vi gjorde den där eftermiddagen, när vi satte på TVn, hur vi satt kvar där. Den känsla som infann sig. Svårt att föreställa sig hur dessa händelser påverkade en av alla 10 miljoner människor i NY, eller USA. Människorna som såg detta med sina egna ögon. Att vara där, inte veta vad detta var, hur det skulle sluta, hur illa det skulle bli. Krigsscener. Oftast inget jag tänker på, och jag besöker NY utan att en sekund snudda vid tanken på 9 11. Men faktiskt orolig inför årsdagen imorgon.

Videon här är stark och innehåller många obehagliga scener.

onsdag 7 september 2011

Engelska

Babblar med ytterst lite svårighet engelska hela dagarna. Visst, det flyter inte problemfritt alltid och är beroende på ämne och sammanhang. Och har nog trots allt blivit bättre på det, även om jag inte märker det själv. Och slänger mig med lite uttryck som jag inte visste om innan.

Men när jag skriver på mitt manuskript nu så inser jag att min skrivna engelska inte har utvecklats överhuvudtaget. Skriver exakt likadant nu som i min avhandling eller de artiklar jag producerade på slutet av min KI-tid. Det enda som har ändrats är min förmåga att se att det låter extremt krystat, tradigt och långrandigt. Men vad kan jag göra åt det? Jag läser ändå ganska mycket vetenskapliga artiklar, men dom flesta forskare har ju inte engelska som modersmål och låter därmed som mig. Sen hittar man de här andra artiklarna och vill helst knycka meningar rakt av eftersom dom är sprängfyllda med pondus, fakta och smidighet. Själv skulle jag använda 4 meningar för att få ut samma sak och meningarna skulle efterlämna otydlighet och tvivel hos mina läsare. Usch!

måndag 5 september 2011

Karl Ove Knausgårds Kamp



Jag har läst halva boken men är rejält trött på Karl Ove. Känns synd, jag gillar verkligen när personers svagheter och mänsklighet visas upp. Men att läsa detta var mer som att i timmar sitta och lyssna på en avlägsen bekants livsberättelse. Men vad det nu än är Karl Ove ska kämpa med i sex böcker (livet, pappa, ..) känns mig ointressant. Kanske ska testa någon av hans andra böcker.

Så nu måste jag hitta något nytt att läsa. Tips?