onsdag 31 augusti 2011

The carts

Bäst med New Haven är alla carts, små hytter där folk säljer mat från alla världens hörn. Min favorit är en av de kinesiska. Urcharmig tant/kvinna, jättegott och jättebilligt. Billigt gäller alla vagnarna, men hos min kinesiska får man så himla mycket mat dessutom. Idag tänkte jag ta en liten nudelsoppa (3 dollar), dvs normal sopp-portion, men sen fick jag syn på dumplingsen... Mmmmm.. 4 dumplings för 2 dollar. Men jag fick dessutom en extra. Så massa mat blev det.

Äckliga Boel

Inspirerad av Karin, här är Googles bild av mig:

Boel är på krigsstigen!
Boel är utbildad i textil på Högskolan i Borås och har ritat mönster till tyger.
Boel är föreståndare för forskningsprojektet Bridging the Gaps och adjungerad professor vid The Jönköping Academy for Improvement of Health and Welfare.
Boel är certifierad coach
Boel är på besök
Boel är ganska äcklig
Boel är utbildad handledare i fredlig beröring,mindfulness och livssamtal för barn

Analys och kommentar:
Krigsstigen javist! Efter (delvis) kraschat projekt och kommunikationssvårigheter.
Just nu på besök i New Haven, och definitivt forskare om än inte adjungerad professor. Hade jag kunnat vara textil designer i ett annat liv? Inte omöjligt, och börjat nu sakna min symaskin. Äcklig.. kan jag kanske vara ibland. Men det är inget jag coachar om.

tisdag 30 augusti 2011

Information och raka rör

Jo, jag gillar peka med hela handen och tydlighet, allt blir så mkt lättare då. Men när alla mina "samtal" känns som Hej Yxskaft så undrar jag vad som är fel. Varför inte bara lysna på vad jag säger?! Eller i de flesta fall, läsa vad jag faktiskt skrev.

Två exempel från nyligen:

Boels passerkort slutar fungera. Jag berättar för vår administratör här på labbet, en schysst snubbe, som kontaktar vår Manager. Jag hör inget mer. Efter en vecka av att inte komma in i labbet på morgonen, eftersom jag är "tidig", så blir jag lite lack och mejlar Managern och frågar:
B: "Vet du vad som händer med mitt passerkort, har du hört något?"
Manager: "Du behövde bli re-appointed i Human Resourses (HR) databas, det borde inte ta så lång tid"

Men nu har det ju gått över en vecka tänker jag, så jag skicka ett mejl till HR.
B: "Hej, mitt namn är ...., mitt netID ...., min Manager (namn) kontaktade er för att mitt passerkort inte fungerar. Han säger att ni behöver re-appointa mig. Är det något problem rörande detta, kan jag hjälpa till med något?"
HR: "Du måste kontakta ID kontoret"

OK, skickar mejl till ID kontoret:
B: "Hej, mitt namn är ...., mitt netID ...., min Manager (namn) kontaktade er för att mitt passerkort inte fungerar. Det har nu gått en vecka, är något problematiskt?"
ID: "Ditt kort slutade fungera 29 Juli. Du måste skaffa ett nytt ID eftersom din anställnig har förändrats. Din manager måste kontakta oss för att ordna med ett nytt kort. Det går bra att komma till vårt kontor mellan 8-16 på vardagar".

Här blir jag lack. Jag har INTE fått en annan anställning, min Manager HAR kontaktat er, WTF. Många har problem med sina kort, och det fixar sig vanligtvis pa en dag när det händer. Så vad är felet här?

Jag mejlar ALLA:
B till HR, Manager, ID: "Hej. Det verkar som om något gått fel i kommunikationen mellan olika avdelningar, därför sätter jag er härmed i kontakt med varandra. Mitt kort har inte fungerat på flera veckor och jag behöver komma in på jobbet, som ni säkert förstår. Så kan ni ordna detta är ni snälla?" Och där gick jag även igenom vad de olika parterna sagt till mig.

Efter ett par timmar mejlar en annan administratör mig och säger: "Det går jättebra att gå till ID kontoret, passa på att gå på morgonen".
B: "Varför skulle jag gå till ID kontoret? Det enda som behöver göras är att aktivera mitt kort."
Admin2: "Du kan ha rätt".
No shit Sherlock.

En dag senare meddelar ID att mitt kort är aktivt igen.

Det andra exemplet rör ett mejl jag skickade till IT support (Åh, dom älskar vi att hata!).
Jag tar upp ett exempel på ett jobb som inte launchade på nästan två veckor, och som sedan kom tillbaka med ett error. Jag poängterade att jag framförallt undrar över generella frågor, som hur klustret fungerar, hur jag definierar hur mycket minne jag behöver, hur många cores jag behöver, varför det tar så lång tid innan jobb startar, etc etc. Och svaret jag får tillbaka var att det obskyra felmeddelandet på mitt exempel-jobb betydde att jag hade bett om fler cores än klustret hade. End of message. Missade alltså 90% av mitt mejl och alla viktiga frågor. Så skrev såklart tillbaka och klistrade in alla frågor han missade igen (med ">>" tecknen kvar). Vi får se om han kanske ser den första frågan nu iaf.

Men ja, jag har blivit en bitch. För nu hugger jag, det är helt enkelt inte OK. Men problemet är att de flesta, alla, verkar bara acceptera de här sakerna. Acceptera att ens passerkort inte fungerar, att ens lön blir 2 månader försenad, att det tar 6 månader att fixa det extra passerkortet du behöver, att det tar 14 veckor att sätta en stämpel på ett visum som gör att du inte kan resa in i landet och inte kan påbörja din utbildning/arbete i tid. Det verkar vara meningen att det ska vara så. det är inte ett problem, bara verklighet. Det finns lysande undantag, men de flesta administratörer här är ena jädra kottar.

Men det värsta är att jag gör problemen värre genom att försöka vara smart. Genom att kontakta managern, ID kontoret, ringa sekreteraren. Att försöka undvika problem och vara hjälpsam är att sätta krokben för sig själv. Men jag KAN inte sluta bry mig. Så nu kör jag på bitch linjen.



jinxed

Det här projektet är förbannat.

Nu tycker jag att det är dax att gå och dricka en öl eller fem istället.

måndag 29 augusti 2011

Sentimental snurra

Ser fram emot hösten, att använda sjalar (även utomhus) och jackor och roliga skor. Att åka på stads-weekends och gå på konserter, som vi ju faktiskt ska göra. Att se de vackra färgerna, de behagliga temperaturerna. Men just nu, när hösten märks i den lite krispigare luften och temperaturen som ramlar nedanför 20 om nätterna, så blir jag lite ledsen över sommaren som gick. En sommar jag inte alls utnyttjade. Som spenderades på kontoret eller instängd i lägenheten. Inte en enda strand har besökts, inte en enda picknick har avnjutits, väldigt få öl har svalkat i solen, havsluften har inte fått ta plats i mina lungor. Så gick ännu en sommar. Nästa sommar kommer vara min sista här, mina sista månader här.

Tiden snurrar snabbt. Snabbt och jag hinner inte riktigt gripa om de saker som betyder mest.


Vi överlevde!

Jordbävning och orkan (OK då, tropisk storm) på en och samma vecka! Och vi överlevde såklart. Inte mycket att orda om här inte tyckte vi. Ett litet regnoväder, lite blåst, lite grenar som blåste ner. Men ett träd ett kvarter bort blåste visst ner, vi är nog rätt skyddade här mellan alla husen.

Enda konsekvensen som är jobbig är att alla tåg är inställda idag. Planen var att ta tåget i morse som vanligt till New Haven, men då tågrälsen går långst med kusten hela sträckan anade jag att det inte skulle gå så bra. Istället ska jag nu testa att åka buss. Billigare! Med internet! Ska ta lika lång tid! Vi får se hur bra det är.

lördag 27 augusti 2011

Irene!


Dudodododododo... (tänk Hajen).

Himla stor snurra! Regnar gör det redan rätt ordentligt, men om jag förstår det hela rätt är det imorgon bitti som hon kommer hit på riktigt.

fredag 26 augusti 2011

Förberedelse för besvikelse?

Alltså, jag vet inte, men det verkar ju som om många tycker jag borde vara orolig för denna orkan. Panik i NY skriker aftonbladet och tom Obama har stuckit från Marthas Vineyard utanför Massachusetts kust, där han har sin sommarstuga. Nationalgardet har aktiverats, nödläge utfärdats och vi beordras stanna inne från och med lördag kväll. Nog skulle det vara kul att uppleva en orkan på ganska nära men ofarligt sätt ändå! Vill såklart inte att någon ska råka illa ut, och är glad att vi bor på andra våningen och inte precis vid vattnet. Men alla de här gigantiska vildvuxna träden som aldrig ansas och som står utanför våra fönster...

Men mest av allt tror vi att de kanske kommer regna på söndag, kanske blåsa lite, men annars vara lika upphetsande som alla "Snow blizzart alert" vi har fått under tiden här. Efter en del av dom har det faktiskt fallit snö, några gånger mer än 1 dm, och någon blåste det tom!

Better safe then sorrow heter det ju dock. Och vi kommer som de lydiga aliens vi är stänga alla fönster, ta bort ACn, vi har vatten och mat hemma. Och igår tog J hem labbsprit till stormköket..

Skräddarsits


På sistone har mina ben börjat domna när jag sitter i skräddarsits. Vem är jag om jag inte längre kan sitta uppkrupen i alla stolar konstant? Personlighetskris.

torsdag 25 augusti 2011

Moder natur etc

Upplevde min första jordbävning i tisdags, epicentret var i Virginia, men i New Haven svajade huset ordentligt. Och nu uppmanas vi att bunkra vatten, batterier till ficklampa och mat, samt stänga alla fönster. På söndag kanske Irene besöker oss. Vi får se!

fredag 19 augusti 2011

Bara smärtsamt

Har jag sagt att detta är ett sjukt land, drivet av rika idioter som bara tänker på sig själva?
"corporate personhood"


Poängen är alltså att "företag är människor", alltså ska dom ha rätt att ljuga. Alltså behöver inte tobaksbolagen medge att deras produkter orsakar lungcancer. Alltså behöver inte läkemedelsföretag ens bedriva studier, det är ju bara att stoppa piller i en burk, utlova underverk och kamma in pengarna. Underbara värld.

Smärtsamt men roligt.

För att live upp en fredagsförmiddag på labbet. Den här blir aldrig mindre sann eller rolig.




onsdag 17 augusti 2011

I väntan på livet

Hela denna situation, några år utomlands där stämpeln "tillfälligt" sitter på allt, är frustrerande. Det finns så mycket som jag skulle ha gjort under dessa år om jag inte vore här, om jag inte jobbade 12 timmar om dagen i snitt, om min sambo inte snittade på 15, om jag inte kände mig som en student som "bara ska bli klar". Vi är ju många i denna situation, alla vi européer som längtar hem i större eller mindre skala. Min chef förstår inte varför jag vill tillbaka till Sverige, det finns möjligheter, häftiga projekt och bättre lön här!

Fast vi längtar efter att faktiskt leva livet, inte bara pressa ut mer jobb, kanske med dåligt samvete ta ledigt en helg och åka någonstans. Längtar efter att vara nära vänner och familj, andra personer i situationer liknande vår. Köpa den där större lägenheten där vi ska bo inom överskådlig framtid, satsa på ett jobb långsiktigt (inte bara projekt som måste gå att avsluta inom 2 år). Kunna åka upp till Dalarna över helgen, åka hem till någon på middag efter jobbet. Renovera lite, måla om ett bord, plantera blommor på balkongen, ta långpromenader i skogen.

Innan det händer så kommer vi ha distansförhållande i 8 månader, flytta hem och flytta till New Haven och publicera en handfull artiklar. Snitta i 15 timmar för att få klar de här projekten.

Finns mycket och många jag kommer att sakna här. Trots allt så har även den forskning jag faktiskt gör här varit och är det bästa jag gjort. Men jag vill leva livet fullt ut, med allt vad det innebär.

söndag 14 augusti 2011

USA för mig åt vänster

Provval pågår för republikanerna. I dagens DN kan vi läsa ena toppkandidatens, Perry, utalande - "Jag anser att Amerikas förenta stater verkligen är mänsklighetens sista stora hopp."

Dessa verklighetsfrånvända människor! I vars ögon endast och enbart USA finns, allt utanför smutsiga och syndiga nästen fulla av oduglingar. Som tycker att frihet innebär att bära vapen och slå sina barn, förbjuda aborter och döda dömda brottslingar. Där politiken är en enda cirkus utan annat syfte än att få makten och pengarna här idag, där ingen ansvarskänsla finns för övriga mänskligheten eller framtida generationer. Där det är självklart att de flesta människor ska ha det jävligt jobbigt och slita i sitt anletes svett utan skyddsnät. Där tonårsgraviditeter och dödligt våld är en självklar ingrediens, där kvinnor är kvinnor och män riktiga män. Där livslängden är 10 år kortare än i Sverige och mödradödligheten hög som i ett u-land. Där levnadsstandarden är låg, klyftorna stora och rasismen utbredd. Halleluja!!

Fasen alltså, det är dax att flytta hem. Varför är jag här, varför ser jag till att VR bekostar ännu ett stycke forskning i detta land?

fredag 12 augusti 2011

Win-Win!


Jag har funderat sådär lite halvseriöst på att skaffa en surrogat-mormor eller -farfar, en äldre ensam person som antagligen skulle må jättebra av sällskap och aktivering. Har funderat på om det skulle kunna vara möjligt att hälsa på på servicehem för att baka kakor med dom som bor där. Men så idag såg jag detta i DN, det finns en grupp i Stockholm, Äldrekontakt, som anordnar fika för pensionärer. Som volontär bakar du fikabröd och bjuder hem en mindre grupp äldre, regelbundet antar jag. Vilket härligt initiativ! Det har skulle jag verkligen vilja göra. Tänk, då skulle jag få baka (minst sju sorters kakor, inte sant?!) och bjuda, och skulle kunna göra livet gladare och mer innehållsrikt för ensama äldre människor. Och livet mer rikt för mig. Det här ska jag göra hemma i Stockholm när jag flyttat hem!


torsdag 11 augusti 2011

Styrketräna för bövelen!

En väldigt intressant artikel som nämns SvD idag tar upp träning som ett effektivt sätt att förhindra muskelförtvinig (duh!) som är extremt vanligt bland äldre personer. Redan från 30års åldern börjar muskelmassan försvinna, och denna brist på framförallt de snabba muskelfibrerna är ett stort problem bland äldre. Varför ramlar äldre så ofta och bryter lårbenshalsen och andra otrevligheter? Jo, för att de snabba musklerna, de som reagerar snabbt när vi tappar balansen, är förtvinade. Ingenting skulle göra mig så lycklig som att se Mamma på gymmet lyftande tunga vikter. Eller att överhuvudtaget se andelen vithåriga personer öka på gymmet öka. Och vi snackar inte medelgympa, även om det såklart också är bra av andra anledningar, vi snackar tunga vikter så man riktigt måste ta i.

Själv körde jag focus biceps och triceps på gymmet i morse, vad gjorde ni?

tisdag 9 augusti 2011

Revolutionerande!

Klockan är 12:30 och jag har ännu inte ätit lunch. Igår åt jag lunch vid 13 snåret. Detta utan att äta något annat än en banan på förmiddagen efter frukost. Och gå upp vid vanlig tid 5:30-6:00. Hur gick detta till?! Jag brukar vara hungrig som en varg redan vid 10, och bara med största självbehärskning samt förmiddagsfika hålla mig fram till 11:30, vilket är min normala lunchtid.

Otroligt intressant för er, jag vet. Men ändå, vad har hänt? Har masken i magen försvunnit, har jag blivit vuxen, ställde veckorna i Sverige om min matklocka? Ingen som vet, ingen som vet. Antagligen tillbaka i gamla vanor snabbare än snabbt.

måndag 8 augusti 2011

Drar ihop sig..

Om ett år är det dax att flytta hem. J kanske flyttar hem några månader tidigare än mig tom, det får visa sig. Men det betyder också att alla de här resorna som borde ske på denna kontinent faktiskt borde ske inom detta år. Lite eld i baken för oss.

Den större resa som är planerad i tanken, men ännu inte på ngt slags reellt sätt, är en längre tur ner till Kalifornien och Gran Canyon. Någon gång nästa år.

I september drar vi till Chicago, en stad jag vet väldigt lite om. Men det ska finnas mycket bra mat, musik och museer. Låter ypperligt!

I vinter vill jag ta en weekend eller halv-vecka i New Orleans.

Är det något annat resemål vi borde se? Det bör vara sådant som går att göra på några dagar, finns nog tyvärr inte tid att åka på fler längre semestrar. Vilka delar av USA bör man se?! Skulle egentligen vilja åka till Texas, känns genuint amerikanskt av någon anledning. Skulle vilja vandra i några av de stora naturreservaten. Skulle vilja resa hur mycket som helst, men ett år går så fort, och det är så mycket som ska klaras av jobbmässigt också.

Tips! Tack!

En sån dag.

En sån där dag tror jag. När det mesta går lite och känns lite halvruttet. Kläderna sitter fel, frisyren är trist, datorn kraschar, börserna faller, ögonen är svullna. Tar på matlusten, kanske betyder att kläderna kan sitta bättre i framtiden?

Ska försöka jobba mig uppåt. Nu vet jag att man inte kan köra Beagle på en MacBook Pro iaf. Och spinna har jag gjort i morse. Jag fick ju tom fruktsallad till frukost! Borde helt enkelt vara en bra dag. Vi säger så.

fredag 5 augusti 2011

Göra något som chefen kan

Har mitt genotypningsdata och försöker förstå och fnula ut hur jag ska behandla det i plink. För ja, det här är första gången jag använder plink. Inlärningskurvan är inte lika brant som för R, med det finns nog ingen kurva som är lika brant som den.

Stor skillnad även på andra sätt - jag har en handledare som faktiskt vet vad jag gör och hur man gör det! När var jag senast i den situationen? Lite stressande faktiskt, att något väntar på att jag ska fördigställa saker som personen i fråga faktiskt skulle kunna göra själv. Finns inga ursäkter liksom. Men det finns ju också en person som jag faktiskt kan fråga om hjälp, vilken grej.

Hösten kommer att bli hektisk, genotypningsdatat har kommit, sekvenseringsdatat borde komma inom några få dagar/veckor, ChIP seq data kommer om någon månad, mer microarrays om några månader. Och så RNAi också. Kul!

tisdag 2 augusti 2011

Sabotage

Så denna kollega skulle samarbeta med oss på ett projekt, och vi pratade igenom designen länge och väl. Så här många prover, exakt dessa cell populationer. Bra så.

Men personen går och samlar en något annorlunda population av celler. Och bestämmer på egen hand att det är bra med ett mindre antal prover eftersom det blev så dyrt. Allt detta utan att ens diskutera saken med oss. Så nu sitter jag här med ännu ett skitmaterial, något som slängdes ihop på måfå utan att tänkas igenom. Denna kollega förstörde helt enkelt min forskning, för nu måste vi ju plötsligt tänka efter noga innan vi spenderar pengar på att samla fler prover.

Så fruktansvärt trött på alla små skitmaterial utan power, alla pengar som bara slängs i sjön, om och om igen. Så frustrerad över att denna gång faktiskt ha en genomtänkt design, men som förstörs av en mindre intelligent kollega, och det hela går bara ut över mig.

Och som grädde på moset - det är ju självklart delvis mitt fel eftersom jag inte höll koll på vad kollegan, en person som är mer senior än mig, faktiskt gjorde. Är jag en dagisfröken eller? Ursäkta språket, men j-vla idioter. Jag tycker det är jobbigt när dom förstör sin egen forskning, men när en annan person förstör min forskning helt på eget bevåg är det helt otroligt oacceptabelt.

Filformat

Hur stor del av min tid som går åt att formatera om filer vill jag inte tänka på, kanske 30%? Alla program använder olika format, eller ännu värre: bara små skillnader. Som att saknade värden codas med "." i en fil men måste ändras till "0" i en annan. Kul.

Men idag sitter jag här med mina data som jag lyckades ladda ner igår. Illumina genotypningsdata i .idat format. Och jag hittar ingen dokumentation någonstans om hur jag kan använda detta format. Hur jag kan konvertera det till något annat. Vad som egentligen finns i dessa filer och hur. Inte ett enda blogginlägg, inte en enda fråga på något forum online.

Det är ju ännu roligare. Jag trodde att själva analysen skulle vara det svåraste i detta projekt. Pilutta mig.

Uppdatering: Och svaret är - Du behöver Genome Studios för att behandla idat filer. Ett program som bara kan installeras på PCs. I de två labb där jag är medlem finns sammanlagt en 30 personer, ingen av dessa har en PC. Så. Himla. Osmart.
Men killen på Keck kommer att kalla genotyperna åt oss så jag kommer att ha dem idag.

måndag 1 augusti 2011

Core facilities

Dessa stora byggstenar i vår forskningsvärld, de som får våra prover och producerar data (genotypning, sekvensering, you name it). Men alltid är det något som strular. Förutom på Broad då, där allt är så väloljat och tydligt menat att göra forskningen lättare. Men varför finns denna skillnad? Jag vet att väntetiderna, en av de största problemen på Karolinska iaf, beror på pengar. Men inställningen?

En av de mest grundläggande sakerna som en core facility måste klara av är att faktiskt få datat till kunden. Och informera om vad datat faktiskt är, vilka filer som kommer anlända på ett eller annat sätt alltså. Men det blir allt som oftast galet.

Varianterna som jag kommer på såhär på rak arm är:

Du får en länk till en hemsida med ett 40-tal länkar och lite mystiska koder och annat. Här ska du i en ruta fylla i en speciell kod som beror på vilka dina prover är för att få hem dom (illumina sequencing).

Du får en länk. Och om du klickar på den får du ett error-meddelande. För det var ju såklart så att Fetch skulle användas för att hämta datat. Hur svårt är det att informera om det?

Senaste varianten, dvs nyss och anledningen till att du läser detta inlägg, var en snygg knapp med "download data". Klicka, och yttligare en ruta kommer upp med ett errormeddelande. Som säger att du måste ha en java plug in för att ladda hem, och en länk till denna. So far so good. Laddar hem den, archive utilities försöker packa upp den och kan inte, alltså error igen: "Unable to expand 'MRJPlugin.sit' - Stuffit archives are not supported". Jaha, behöver jag något som heter Stuffit, vad är det?! Google etc. Skickar ett mejl till core facility för att fråga hur jag ska ladda ner datat egentligen. Och då Hej-Yxskaft-svaret som lyder: "Jag skickar med instruktioner för hur du installerar Genome Studios". ... Say what?? Jag vill inte ha genome studios!
Gör det själv helt enkelt. Hittar en variant av Stuffit på Yale´s hemsida, testar att använda Safari istället för Firefox, och Tada! Nu funkar det. Men idiotin, idiotin!

Så alla ni core facility chefer där ute: Information. Gärna en sida på er hemsida där alla dataformat förklaras, där du berättar vilken variant av Illuminas pipeline som använts, och där du förklarar hur din kund kommer att få tillgång till sitt data. Och denna sida ska naturligtvis skickas till alla kunder.

Mitt måtto må vara Om du vill ha något gjort får du se till att göra det, men det betyder inte att jag VILL göra det.