lördag 31 juli 2010

Förändringarnas tid

Att vara post doc är att under ett fåtal år forska arslet av sig. Sen fortsätta med detta iofs, men på en annan plats, ett annat labb. Oftast stannar man 2-3 år på ett ställe innan man drar vidare. Det betyder ju också att gruppen man arbetar tillsammans med ständigt förändras och en tredjedel av personerna byts ut varje år. Idag flyttar en av de närmsta hem till Italien, sorgligt.

Men om 3 år när vi bor hemma i Svea rike igen så kommer det finnas personer att besöka i alla delar av Europa - en väldigt positiv sidoeffekt.

fredag 30 juli 2010

Vi och Neandertalarna

Var ju snack om detta för ett par veckor sedan, att människor och Neandertalarne utbytte lite gener för länge sedan. Delar av detta arbete, som leddes av Svante Pääbo, gjordes även här på Broad och igår lyssnade jag på ett seminarium av detta. Om ni har läst artikeln så hittar ni inget nytt och intressant här.

Det jag tycker är intressant är hur det oftast (alltid?) är de enkla metoderna som tar en framåt. Och hur forskning egentligen bara handlar om problemlösning och att tänka kreativt. Här hade då forskargrupperna tillgång till gamla värdelösa benbitar (värdelösa för arkeologer eller antropologer då det var bitar av ben som inte avslöjade ngt om utseende eller liknande), allt som allt 89 bitar, de flesta från Kroatien. Innehåller dessa bitar ngt DNA överhuvudtaget? Nej, en minoritet, och den minoriteten innehåller DNA som är extremt degraderat. Och eftersom Neandertalarna är nära släkting så måste människorna som hanterar benbitarna inte lämna ngr spår av sitt DNA på dom. Vilket ju är skapligt svårt att undvika. Och de få bitar som innehöll DNA hade ju typ 0.05% Neandertalar DNA i sig, resten var bakteriellt. Och var skapligt nedbrytet dessutom, medellängden för DNA var runt 44 baser.

Men dom fick ihop ngn slags skiss på Neandertalar genomet ändå. Men extremt mkt hål och antagligen många fel. Så vad gör man med ett sådant dataset? Vi vill lära oss mer om Neandertalarna, och sådan information skulle säkerligen kunnat tas från genomet. Om inte genomet nu var så himla kasst. Så vad göra? Ganska många skulle ha gett upp i detta skede, dom hade bara en dassig skiss. Och det var ju till 99.7 % identiskt till vårt genom.

Men genom att istället för att utgå från en dålig skiss så använde dom det mänskliga genomet och visade på diverse sätt att vi européer har fått i oss en del Neandertalar-gen-material. (What do you mean by "gene transfer"? var en fråga som vi nördar i publiken skrattade gott åt. Kanske snarast för att han fick lite röda öron.) Så hur gjorde dom? En sak var att kolla på kända polymorfier i människa och fråga: Hur ofta har neandertalar DNAt samma bas som en europe/asiat och hur många ggr samma som en afrikansk person?

Enkelt.

obekväm hud

Jag nästan hoppas att ingen kommer lägga sin arm runt mig idag då jag är synnerligen flottig. Det kan vara Arthur, vår AC, som ger min hud nippran. Eller så är det det nya tvättmedlet eller sköljmedlet. Eller ett allmänt psykbryt av mitt största organ. Synnerligen obekvämt iaf.

onsdag 28 juli 2010

sammanbrott

Efter att ha cyklat hem från jobbet i förtid (glömde sladden till datorn hemma) i strålande solsken och 32 grader så var jag rätt knäckt. Försökte jobba efter att ha kylt ner mig med Ben&Jerrys och Cola, men det gick sådär. Sen lyckades jag missa när L kontaktade mig på Skype. Tänkte att jag skulle ringa uppp snabbt innan hon hann gå och lägga sig, men fick lov att ladda in mer pengar på Skype-kontot. Men efter tre försök med det Amerikanska och ett med det Svenska bankkortet så gav jag i princip upp. Klockan var vid det laget efter midnatt hemma och L sov nog redan. Hur kommer det sig att jag inte har pratat med min bästa vän på flera veckor?? Fick ett litet sammanbrott och ägnade resten av dagen åt att slösurfa, kolla på House och äta ännu mer glass (efter det att jag gråtit klart).

Idag står ett besök på Yale med labbmöte på schemat. Vilket betyder att jag kommer få väldigt lite arbete gjort även idag. När hinner man arbeta ikapp när man oftast jobbar minst 12 timmar varje dag i vilket fall?

måndag 26 juli 2010

kaka!

Jag har glömt pluskan hemma. 87 cent får man inte en kaka för.

söndag 25 juli 2010

Göra professorer mer vänligt inställda

Idag sitter jag och fnular i Adobe Illustrator för att göra vackra bilder till en artikel jag råkade bli inblandad i. Inte världens rikaste dataset att analysera, men Dr. N är uppenbarligen immunologiskt begåvad nog att se mönster som vi nu illustrerar. Och jag hoppas att detta kan göra Professor U lite mer vänligt inställd till mig. Men eg. tror jag nog att han är en mansgris, och att det är delvis därför han helst inte kollar åt mitt håll ens när jag presenterar data för honom.

lördag 24 juli 2010

facebooketik

Alla är ju vänner med alla möjliga och omöjliga människor på facebook. Personer som gick i din parallellklass på lågstadiet som du inte hälsar på när ni ses på Rättviks marknad, personer du träffat en gång på en konferens, och what not.

Men det finns ett undantag: Man är inte vän med gamla pojkvänner. Eller gamla pojkvänner till mig vill iaf inte vara vänner. Jag tycker det är lite skrattretande att killen jag var kär i för 15 år sedan tycker att det är känsligt att vara vän med mig på fejan nu. Att killen jag var sambo med för 10 år sedan är vän med min gamla vapendragare, men inte med mig.

Människor är underliga.