Elevator pitch

Jag försöker komma på den, meningen som säljer mig och min forskning. Svårt.

Dansa på gatan

I en värld där var och varannan person blev eller är mobbad, där båtlaster av människor lämnas att svälta ihjäl och propaganda spys ut så kraftigt att den är svår att skilja från sanningen. I den världen är det minsta man kan göra att faktiskt säga vad man tycker. Att argumentera för sin sak. Att förklara den andra sidan av en åsikt som får mycket utrymme. För världen är ju oftast allt annat än svartvit (fast i fallet med båten är det bannemig becksvart).

Som denna stora glädje över mordet på Bin Ladin. Jag kan se glädjen över att jakten är över, eller lättnaden över att jakten är över. Men kan det ge clocure eller tröst till de anhöriga för 9 11? Är hämnd lika med rättvisa? Käkade brunch med kära kollegor i söndags, varav en är amerikan. Saken kom upp. Han argumenterade att firandet var rättfärdigat, samt att de flesta som firade var college-kids, som växte upp med bin Ladin som djävulen. Visst är det en kulturell skillnad som ligger bakom också, denna starka patriotism som blev stärkt iom att USA lyckades döda "sin värsta fiende", propagandan som bygger på svart och vitt, rätt och fel, USA mot ondskan. DET är en diskussion som jag ännu inte tagit. I fallet nu så beror mitt illamående på firandet av en persons död. Spelar ingen roll vems död. Man firar inte att någon dör, det är barbariskt. Om min familj blivit mördad så kanske jag också hade velat se den ansvariga personen död, vet faktiskt inte hur jag skulle känna exakt, men jag skulle inte dansa på gatan om det faktiskt hände. Läker hämnd sorg? Har rättvisa skipats? (Är det bara USA som kan bedöma vad som är rätt eller fel?)

Tror att det är viktigt att poängtera exakt vad man menar i dessa diskussioner. Även om jag möjligtvis även fördömer aktionen (mordet) som sådan, så har jag ändå stor förståelse. Jag förstår lättnaden och att tillfångatagandet/tillintetgörandet utfördes. Jag, tillsammans med resten av världen, ser 9 11 som en enormt betydelsefull händelse, och förstår att det förändrade klimatet här. Vad skulle hända i Sverige om något motsvarande hände? En person har försökt sig på en offentlig terrorattack i Sverige och vi gick igång rätt rejält på det. Min poäng mot min vän, som jag hoppas fortfarande är min vän lika mycket, var att jag inte tycker det är OK att fira en persons död. Inte Hitler, inte bin Ladin.

En annan punkt är vilka grunder ett modernt rättssamhälle bygger på. Det är en mycket viktigt diskussion som jag inte riktigt har kraft att ta upp på något relevant ställe. Jag hoppas att någon av våra politiker har det modet, och kan ta en diskussion med dessa högtravande högpolerade amerikanska politikerna som man blir mörkrädd av. Jag hoppas att alla dessa reaktioner jag läser om på bloggar även skulle kunna ta plats i våra större dagstidningar. Vi gick ju in i hejaklacken efter mordet som alla andra.

Hej Läsare,

Funderar på hur man formulerar den första hälsningen i ett mejl. Jag skriver oftast Hej/Hi/Hey + ev. förnamn i mejl till personer jag känner. Till okända personer som jag söker jobb-kontakt med blir det Dear Dr Efternamn eller dylikt. Ibland skippar man hälsningsfrasen över huvud taget, oftast när det är en pågående brevväxling fram och tillbaka. Men det är ganska vanligt att jag får mejl som startar:

"Boel, can you/we should/etc ..."

Och jag vet inte riktigt vart på skalan detta är. Bör jag ta lite illa upp, det är lite bryskt sådär. Låter lite som början på en order, typ "Boel do this!". Jag drar mig för att skriva så själv, men borde kanske emellanåt (när jag ger order..). Men det är ju så att för vissa personer och i vissa sammanhang är det OK att insinuera starkt att jag bör göra något, men i många situationer är det inte alls OK. Vad tycker ni?

Hur djupt måste vi sekvensera?

Hur djupt måste ett prov sekvenseras för att producera tillförlitliga mätvärden på genuttrycksnivåer?

Vi vet att microarrays genererar variabla mätvärden. Ta ett prov och separera det i två innan hybridisering till arrayen och du får en avsevärd varians i genuttryck. Skrämmande, men sant.
Men hur är det med RNA seq?

Artikeln RNA-sequencing analysis on human B-cells kommer fram till att 500 miljoner reads behövs. Gulp. Pappret är väl värt att läsa, och det dom gör är att poola alla reads från 20 B-cells linjer (40 miljoner reads var -> 800 milj totalt) och sedan använda fraktioner av det och kolla på variansen jämfört med "det sanna värdet", dvs det som uppmättes med 800 miljoner reads. Först vid 500 miljoner reads kröp variansen i mätvärdena ner till 10%. Och detta var i ett enda stort poolat prov - alltså ingen intrainviduell variation över huvud taget! Stor gul OBS lapp till alla labb i världen, Tack.

Fejes diskuterar artikeln och får mig att inse vissa svagheter, men för mig kvarstår grundbudskapet - sekvensera mera!

(Fejes fick nys om artikeln genom twitter och fiamh, dvs min vän Oliver, som i sin tur fick tipset från mig. Liten värld!)

printa poster

Efter att ha testat tre olika poster printers här i huset så har vi nu hittat en som fungerar. Vi är i det här fallet jag och Janice på IT support. Himla glad att hon hjälper till, själv hade jag gett upp vid det här laget. Men nu har vi en printer som funkar. Jag vet eftersom den i nuläget håller på att printa den största poster jag någonsin sett. Måste vara minst 2 meter bred. Det underliga i sammanhanget är att författarna inte verkar ha haft 2x1 meter saker att säga. Postern består nämligen av väldigt många underrubriker i väldigt stora färgade rutor, såhär:

(Tänk er denna så stor att när ni står vid ena änden ser ni knappt vad rubrikerna är på den andra sidan. Kanske 3x1 meter?!)

Det tycker jag är lite underligt.

Men nu kanske jag har spenderat tillräckligt med tid på att skapa den där bilder ovan så att min poster faktiskt printas numera. Håll tummarna!

Dear fellow nerds,

Det här är ju bara underbart - skapa en QR kod att sätta på din poster till nästa konferens!

Själv åker jag till Biology of Genomes nästa vecka, är riktigt peppad!

Kroppens förfall

Såhär på äldre dar så utökar jag mina gällande allergener till att även inkludera pollen. Synd, för det finns ju så förbannat mkt pollen här. De symptom jag uppvisar vid allergi har även utökats och innefattar numera en huvudvärk lokaliserad till främre hjärnhalvan. Kul.

Men trots allt otroligt härligt att våren är här på riktigt.