Analytiker

Finns något av en kulturkrock, ett missförstånd, eller om man är mer bitter - en oförmåga.

Jag arbetar i ett stort labb bestående av bänk-biologer. Deras arbete omfattar subpopulationer av immunologiska celler och cytokiner, deras verktyg är FACS, ELISA, qPCR, etc. Deras fokus effekten eller funktionen av en molekyl i en celltyp. Ibland flyttas fokus till dubbelpositiva celler - celler som producerar molekyler som innan setts som specifika för två speciella celltyper.

Jag är biolog, kan lite annat, men är biolog först och främst, kanske tom lite av en genetiker. Jag fascineras av biologiska system, som immunsystemet, hur det fungerar, hur det påverkas av olika saker och vad det leder till. Mitt fokus är data, vad det än må vara. GWAS, genexpression, proteinuttryck, TFBS, protein-protein interaktion. Mina verktyg är diverse program som antingen redan finns, eller som jag själv måste utveckla. Jag är ingen programmerare, ingen statistiker, men jag förstår nästan tillräckligt med statistik och jag kan använda programmering. Programmen jag skriver är inte viktiga - dom är antagligen oeffektiva, komplicerade och kräver säkert för mycket minne. Men dom gör det jag vill att dom ska göra, tar mig till nästa steg där jag igen utvärderar problemet och kommer fram till en lösning. Det kallas forskning, data-driven forskning.

Men börjar misstänka att jag anställdes som analytiker. Misstänka är ett svagt ord, det var precis så. Låt mig illustrera problematiken med ett citat från när vi planerade för ett nytt projekt, helt baserat på analytiska resultat:
" The analysts should write the method section for the statistics, we will write the science."
Vetenskapen var alltså begränsad till det immunologerna och klinikerna gjorde, medans analysen var det lilla steget som gjordes på slutet som inte alls hade med science att göra.

Det finns så många symptom på denna sjuka, denna inbillade värld där vi "analytiker" tar ett dataset och stoppar in det i ett lämpligt program som spottar ut resultat åt dom riktiga biologerna. Där designen av analysen, utvärderingen, utförandet och sammanställningen inte ses som vetenskap. Där det helt självklart är lika enkelt att ladda in ett microarray set och göra ett t-test, som att analysera RNA seq, GWAS och ChIP seq på ett integrerat och vettigt sätt. Där 3 microarrays av tre phenotyper på något sätt borde ge lika rika och intressanta resultat som 50 microarrays över en tidsserie. Där genom-vida data set är coola, men där enkla resultat som enbart framhäver en enda molekyl är det enda önskvärda. Där jag är en analytiker och underförstått inte förstår biologi eller immunologi, men där jag ändå ska utvärdera resultaten och förklara vad dom betyder för immunologerna. Tabellerna är ju alles för stora.

Jag är ingen analytiker. Jag är en biolog, en forskare. Verkligheten är inte endimensionell, eller ens 2D. Verkligheten är ett stort förbannat komplicerat nätverk av orsak och verkan på alla nivåer. För att göra detta ordentligt så måste vi göra det tillsammans. Det är inte ett problem att den/de data-centrerade biologen ska vara med på pappret, det är en självklarhet. Utan oss kan ni inte designa, utför, analysera eller utvärdera datat. Utan oss kommer ni fortsätta producera värdelösa dataset. Jag fattar inte hur det kan vara så svårt att inse. Jag kan väldigt enkelt se den motsvarande bilden från "vår" sida, som ju egentligen är lika illa. Att det är ju vi, data-biologerna, som gör allt som är forskning. Vi som designar, planerar, tar hand om datat, tolkar det. Det bänk-biologerna gör att ju bara praktiskt - sorterar celler, kör lite andra maskiner. Maskinister, tekniker möjligtvis. Men som sagt, jag är smartare än så.

Skriva

Det spelar egentligen ingen roll vad det handlar om, uppsatsen i 9:an eller en artikel på den här nivån, trenden är densamma. Jag börjar skriva, jag älskar att skriva, jag tycker oftast det blir rätt bra. Texten växer, dagen tar slut och jag är ganska nöjd.
Nästa dag. Här skiljer sig den 15åriga jag med den nuvarande. I nian tog jag upp mitt dokument (skrivhäfte?!) och tyckte allt var skit. Och började om från början. Nu för tiden får jag en kommentar av en medförfattare eller annan snäll själ, oftast väldigt bra kommentarer, om vad som saknas, är otydligt eller dylikt. Eller bara ser ngn av dessa svagheter själv. Försöker ändra den text som finns, flyttar om, formulerar om, lägger till... Och flödet är borta! Så jag raderar mer och mer och .. börjar om. Tycker att det blir bra, blir rätt nöjd, texten växer.. Men jag antar att samma sak kommer att hända imorgon igen.

Är det en brist på tålamod måhända? Att omsorgsfullt formulera om, lägga till och fila på en text är arbetsamt och trist. Men så otroligt nödvändigt för att det ska bli bra.

Vad jag borde säga

När någon slänger några CEL filer åt mitt håll och tycker det är självklart att jag ska analysera (skiten):
"Could I read the study plan first?"

För det finns aldrig en strukturerad plan. Vad är egentligen frågan liksom? Och hur kan folk förvänta sig extraordinära resultat från tre microarrays från tre olika fenotyper utan biologiska replikat? Dont waste good thoughts on crappy data.

När jag får veta om ett möte en dag eller några timmar innan mötet ska ske:
"Could I have a look at the agenda please?"

För alla dessa möten är oftast totalt ostrukturerade, och i 9 fall av 10 så är det mina resultat som ska diskuteras. Alltså jag som plötsligt ska hålla en presentation. Av den enkla anledningen att det är jag i denna samling av människor som faktiskt arbetar med datat. Men fortfarande har ingen vett nog att inkludera mig i planeringen av mötet.

Ordning och Reda i vår värld

Ser bilderna från Japan av städer som numer bara är bråte och skräp. Tillhörigheter som tidigare var snyggt ihopvikta och staplade i skåp och hyllor är numera buckliga, smutsiga och borta. Människorna i ett av världens mest välordnade och prydliga land köar nu för att få vatten till sitt te, och en filt för att skydda sig i minusgraderna. Detta var en extrem jordbävning, och konsekvenserna är stora även för människor som bor 25 mil från de svåraste områdena. Jodtabletterna är slut, dom flesta har hållt sig inomhus, använder ansiktsmask, vattnet bär spår av radioaktivitet. Min kollega Hiro, som flyttade tillbaka till Japan i somras, meddelar att nu börjar vanliga TV-program sändas igen men McDonalds serverar inga pommes eftersom leveranserna inte kommer fram.

Går här hemma och fejar lite, det är mysigt och avslappnande. Rena ytor, diskbänkar och matbord, och undanplockade saker ger en bild av ett fint välbonat hem. Men hur lätt denna inbillade ordning och reda skulle kunna brytas. Varför tycker vi så mycket om denna fasad? Lägenheten är ren när saker ligger på ett visst ställe och smutsen är uppsamlad och undangömd. Skulle krävas så lite för att förstöra bilden, denna trygghet vi människor skapar omkring oss.

Faktisk hjärnverksamhet

Jag har spenderat så mycket av min tid här med att tugga, tugga, tugga. Analysera analysera, kolla på det ena, kolla på det andra, formatera filer, få helt ogenomtänkt input och instruktioner från medarbetare, börja kolla på något nytt, ta några varv till i ekorrhjulet. Missförstå mig rätt, jag har lärt mig enormt mycket, men det har inte varit givande. Det har varit "Lösa praktiska problem" - hur alignar vi reads bäst, hur rensar vi bort dåliga reads och identical reads, hur skapas en bra annoteringsfil, hur skulle man kunna kolla på RNA editing, hur kollar vi på homologi mellan arter, vad är definitionen på en ny gen, etc etc. Praktiskt tugg tugg tugg.

Men nu äntligen arbetar jag verkligen. Preliminära resultat som bearbetas. Frågor som finslipas. Skisser för nästa steg, bearbetning, nya analyser, närmare svaret för varje steg. Steg jag tar, planer jag utformat, resultat som tar oss framåt. Det här är forskning. Det här älskar jag.

Äntligen.

Trygghet.

Ännu mer balans. Träningen börjar fungera, stressen äter inte upp mig, gillar mycket just nu.

Tänker på hur alla små saker påverkar en. Hur en stressad hjärna kan stänga in sig i ett litet hörn och se på när kroppen bryts ner. Hur alla obetydliga små grejer tillsammans gör mig ensam, sliten, osocial, osmart. Och lättnaden när förbannelsen bryts och det inte längre är plågsamt jobbigt att ta kontakt med människor, när bakslagen på jobbet inte tar så hårt, när smulorna på golvet inte känns som ännu ett misslyckande. Hjärnan är ett underligt organ, och destruktiva tankemönster är så extremt onödiga. Hur gör man sig av med dem?

Balans

Var hemma i Stockholm för två veckor sedan. Inför resan såg jag fram emot att bl.a. diskutera min jobbrelaterade stress och ångest med mina gamla kollegor. Träffade Iza efter halva veckan och insåg med glädje och förvåning att ångesten visst inte var så stark, samt att inspirationen fanns där. Ledig tid utan måsten med familj och vänner gör verkligen underverk.

Tillbaka i jobbet nu. Många deadlines och oförstående medarbetare. Alla måsten. Men lugnare i själen. Tänker på mina planer för framtiden med optimism och inspiration.

Men nu som alltid, skrikpanik över att saker måste vara gjorda i förrgår och brist på eftertänksamhet och diskussion. Har dock hela huvudet över ytan och ser ner på det omgivande kaoset.