Klockan är 12:30 och jag har ännu inte ätit lunch. Igår åt jag lunch vid 13 snåret. Detta utan att äta något annat än en banan på förmiddagen efter frukost. Och gå upp vid vanlig tid 5:30-6:00. Hur gick detta till?! Jag brukar vara hungrig som en varg redan vid 10, och bara med största självbehärskning samt förmiddagsfika hålla mig fram till 11:30, vilket är min normala lunchtid.
Otroligt intressant för er, jag vet. Men ändå, vad har hänt? Har masken i magen försvunnit, har jag blivit vuxen, ställde veckorna i Sverige om min matklocka? Ingen som vet, ingen som vet. Antagligen tillbaka i gamla vanor snabbare än snabbt.
tisdag 9 augusti 2011
måndag 8 augusti 2011
Drar ihop sig..
Om ett år är det dax att flytta hem. J kanske flyttar hem några månader tidigare än mig tom, det får visa sig. Men det betyder också att alla de här resorna som borde ske på denna kontinent faktiskt borde ske inom detta år. Lite eld i baken för oss.
Den större resa som är planerad i tanken, men ännu inte på ngt slags reellt sätt, är en längre tur ner till Kalifornien och Gran Canyon. Någon gång nästa år.
I september drar vi till Chicago, en stad jag vet väldigt lite om. Men det ska finnas mycket bra mat, musik och museer. Låter ypperligt!
I vinter vill jag ta en weekend eller halv-vecka i New Orleans.
Är det något annat resemål vi borde se? Det bör vara sådant som går att göra på några dagar, finns nog tyvärr inte tid att åka på fler längre semestrar. Vilka delar av USA bör man se?! Skulle egentligen vilja åka till Texas, känns genuint amerikanskt av någon anledning. Skulle vilja vandra i några av de stora naturreservaten. Skulle vilja resa hur mycket som helst, men ett år går så fort, och det är så mycket som ska klaras av jobbmässigt också.
Tips! Tack!
Den större resa som är planerad i tanken, men ännu inte på ngt slags reellt sätt, är en längre tur ner till Kalifornien och Gran Canyon. Någon gång nästa år.
I september drar vi till Chicago, en stad jag vet väldigt lite om. Men det ska finnas mycket bra mat, musik och museer. Låter ypperligt!
I vinter vill jag ta en weekend eller halv-vecka i New Orleans.
Är det något annat resemål vi borde se? Det bör vara sådant som går att göra på några dagar, finns nog tyvärr inte tid att åka på fler längre semestrar. Vilka delar av USA bör man se?! Skulle egentligen vilja åka till Texas, känns genuint amerikanskt av någon anledning. Skulle vilja vandra i några av de stora naturreservaten. Skulle vilja resa hur mycket som helst, men ett år går så fort, och det är så mycket som ska klaras av jobbmässigt också.
Tips! Tack!
En sån dag.
En sån där dag tror jag. När det mesta går lite och känns lite halvruttet. Kläderna sitter fel, frisyren är trist, datorn kraschar, börserna faller, ögonen är svullna. Tar på matlusten, kanske betyder att kläderna kan sitta bättre i framtiden?
Ska försöka jobba mig uppåt. Nu vet jag att man inte kan köra Beagle på en MacBook Pro iaf. Och spinna har jag gjort i morse. Jag fick ju tom fruktsallad till frukost! Borde helt enkelt vara en bra dag. Vi säger så.
Ska försöka jobba mig uppåt. Nu vet jag att man inte kan köra Beagle på en MacBook Pro iaf. Och spinna har jag gjort i morse. Jag fick ju tom fruktsallad till frukost! Borde helt enkelt vara en bra dag. Vi säger så.
fredag 5 augusti 2011
Göra något som chefen kan
Har mitt genotypningsdata och försöker förstå och fnula ut hur jag ska behandla det i plink. För ja, det här är första gången jag använder plink. Inlärningskurvan är inte lika brant som för R, med det finns nog ingen kurva som är lika brant som den.
Stor skillnad även på andra sätt - jag har en handledare som faktiskt vet vad jag gör och hur man gör det! När var jag senast i den situationen? Lite stressande faktiskt, att något väntar på att jag ska fördigställa saker som personen i fråga faktiskt skulle kunna göra själv. Finns inga ursäkter liksom. Men det finns ju också en person som jag faktiskt kan fråga om hjälp, vilken grej.
Hösten kommer att bli hektisk, genotypningsdatat har kommit, sekvenseringsdatat borde komma inom några få dagar/veckor, ChIP seq data kommer om någon månad, mer microarrays om några månader. Och så RNAi också. Kul!
Stor skillnad även på andra sätt - jag har en handledare som faktiskt vet vad jag gör och hur man gör det! När var jag senast i den situationen? Lite stressande faktiskt, att något väntar på att jag ska fördigställa saker som personen i fråga faktiskt skulle kunna göra själv. Finns inga ursäkter liksom. Men det finns ju också en person som jag faktiskt kan fråga om hjälp, vilken grej.
Hösten kommer att bli hektisk, genotypningsdatat har kommit, sekvenseringsdatat borde komma inom några få dagar/veckor, ChIP seq data kommer om någon månad, mer microarrays om några månader. Och så RNAi också. Kul!
tisdag 2 augusti 2011
Sabotage
Så denna kollega skulle samarbeta med oss på ett projekt, och vi pratade igenom designen länge och väl. Så här många prover, exakt dessa cell populationer. Bra så.
Men personen går och samlar en något annorlunda population av celler. Och bestämmer på egen hand att det är bra med ett mindre antal prover eftersom det blev så dyrt. Allt detta utan att ens diskutera saken med oss. Så nu sitter jag här med ännu ett skitmaterial, något som slängdes ihop på måfå utan att tänkas igenom. Denna kollega förstörde helt enkelt min forskning, för nu måste vi ju plötsligt tänka efter noga innan vi spenderar pengar på att samla fler prover.
Så fruktansvärt trött på alla små skitmaterial utan power, alla pengar som bara slängs i sjön, om och om igen. Så frustrerad över att denna gång faktiskt ha en genomtänkt design, men som förstörs av en mindre intelligent kollega, och det hela går bara ut över mig.
Och som grädde på moset - det är ju självklart delvis mitt fel eftersom jag inte höll koll på vad kollegan, en person som är mer senior än mig, faktiskt gjorde. Är jag en dagisfröken eller? Ursäkta språket, men j-vla idioter. Jag tycker det är jobbigt när dom förstör sin egen forskning, men när en annan person förstör min forskning helt på eget bevåg är det helt otroligt oacceptabelt.
Men personen går och samlar en något annorlunda population av celler. Och bestämmer på egen hand att det är bra med ett mindre antal prover eftersom det blev så dyrt. Allt detta utan att ens diskutera saken med oss. Så nu sitter jag här med ännu ett skitmaterial, något som slängdes ihop på måfå utan att tänkas igenom. Denna kollega förstörde helt enkelt min forskning, för nu måste vi ju plötsligt tänka efter noga innan vi spenderar pengar på att samla fler prover.
Så fruktansvärt trött på alla små skitmaterial utan power, alla pengar som bara slängs i sjön, om och om igen. Så frustrerad över att denna gång faktiskt ha en genomtänkt design, men som förstörs av en mindre intelligent kollega, och det hela går bara ut över mig.
Och som grädde på moset - det är ju självklart delvis mitt fel eftersom jag inte höll koll på vad kollegan, en person som är mer senior än mig, faktiskt gjorde. Är jag en dagisfröken eller? Ursäkta språket, men j-vla idioter. Jag tycker det är jobbigt när dom förstör sin egen forskning, men när en annan person förstör min forskning helt på eget bevåg är det helt otroligt oacceptabelt.
Filformat
Hur stor del av min tid som går åt att formatera om filer vill jag inte tänka på, kanske 30%? Alla program använder olika format, eller ännu värre: bara små skillnader. Som att saknade värden codas med "." i en fil men måste ändras till "0" i en annan. Kul.
Men idag sitter jag här med mina data som jag lyckades ladda ner igår. Illumina genotypningsdata i .idat format. Och jag hittar ingen dokumentation någonstans om hur jag kan använda detta format. Hur jag kan konvertera det till något annat. Vad som egentligen finns i dessa filer och hur. Inte ett enda blogginlägg, inte en enda fråga på något forum online.
Det är ju ännu roligare. Jag trodde att själva analysen skulle vara det svåraste i detta projekt. Pilutta mig.
Uppdatering: Och svaret är - Du behöver Genome Studios för att behandla idat filer. Ett program som bara kan installeras på PCs. I de två labb där jag är medlem finns sammanlagt en 30 personer, ingen av dessa har en PC. Så. Himla. Osmart.
Men killen på Keck kommer att kalla genotyperna åt oss så jag kommer att ha dem idag.
Men idag sitter jag här med mina data som jag lyckades ladda ner igår. Illumina genotypningsdata i .idat format. Och jag hittar ingen dokumentation någonstans om hur jag kan använda detta format. Hur jag kan konvertera det till något annat. Vad som egentligen finns i dessa filer och hur. Inte ett enda blogginlägg, inte en enda fråga på något forum online.
Det är ju ännu roligare. Jag trodde att själva analysen skulle vara det svåraste i detta projekt. Pilutta mig.
Uppdatering: Och svaret är - Du behöver Genome Studios för att behandla idat filer. Ett program som bara kan installeras på PCs. I de två labb där jag är medlem finns sammanlagt en 30 personer, ingen av dessa har en PC. Så. Himla. Osmart.
Men killen på Keck kommer att kalla genotyperna åt oss så jag kommer att ha dem idag.
måndag 1 augusti 2011
Core facilities
Dessa stora byggstenar i vår forskningsvärld, de som får våra prover och producerar data (genotypning, sekvensering, you name it). Men alltid är det något som strular. Förutom på Broad då, där allt är så väloljat och tydligt menat att göra forskningen lättare. Men varför finns denna skillnad? Jag vet att väntetiderna, en av de största problemen på Karolinska iaf, beror på pengar. Men inställningen?
En av de mest grundläggande sakerna som en core facility måste klara av är att faktiskt få datat till kunden. Och informera om vad datat faktiskt är, vilka filer som kommer anlända på ett eller annat sätt alltså. Men det blir allt som oftast galet.
Varianterna som jag kommer på såhär på rak arm är:
Du får en länk till en hemsida med ett 40-tal länkar och lite mystiska koder och annat. Här ska du i en ruta fylla i en speciell kod som beror på vilka dina prover är för att få hem dom (illumina sequencing).
Du får en länk. Och om du klickar på den får du ett error-meddelande. För det var ju såklart så att Fetch skulle användas för att hämta datat. Hur svårt är det att informera om det?
Senaste varianten, dvs nyss och anledningen till att du läser detta inlägg, var en snygg knapp med "download data". Klicka, och yttligare en ruta kommer upp med ett errormeddelande. Som säger att du måste ha en java plug in för att ladda hem, och en länk till denna. So far so good. Laddar hem den, archive utilities försöker packa upp den och kan inte, alltså error igen: "Unable to expand 'MRJPlugin.sit' - Stuffit archives are not supported". Jaha, behöver jag något som heter Stuffit, vad är det?! Google etc. Skickar ett mejl till core facility för att fråga hur jag ska ladda ner datat egentligen. Och då Hej-Yxskaft-svaret som lyder: "Jag skickar med instruktioner för hur du installerar Genome Studios". ... Say what?? Jag vill inte ha genome studios!
Gör det själv helt enkelt. Hittar en variant av Stuffit på Yale´s hemsida, testar att använda Safari istället för Firefox, och Tada! Nu funkar det. Men idiotin, idiotin!
Så alla ni core facility chefer där ute: Information. Gärna en sida på er hemsida där alla dataformat förklaras, där du berättar vilken variant av Illuminas pipeline som använts, och där du förklarar hur din kund kommer att få tillgång till sitt data. Och denna sida ska naturligtvis skickas till alla kunder.
Mitt måtto må vara Om du vill ha något gjort får du se till att göra det, men det betyder inte att jag VILL göra det.
En av de mest grundläggande sakerna som en core facility måste klara av är att faktiskt få datat till kunden. Och informera om vad datat faktiskt är, vilka filer som kommer anlända på ett eller annat sätt alltså. Men det blir allt som oftast galet.
Varianterna som jag kommer på såhär på rak arm är:
Du får en länk till en hemsida med ett 40-tal länkar och lite mystiska koder och annat. Här ska du i en ruta fylla i en speciell kod som beror på vilka dina prover är för att få hem dom (illumina sequencing).
Du får en länk. Och om du klickar på den får du ett error-meddelande. För det var ju såklart så att Fetch skulle användas för att hämta datat. Hur svårt är det att informera om det?
Senaste varianten, dvs nyss och anledningen till att du läser detta inlägg, var en snygg knapp med "download data". Klicka, och yttligare en ruta kommer upp med ett errormeddelande. Som säger att du måste ha en java plug in för att ladda hem, och en länk till denna. So far so good. Laddar hem den, archive utilities försöker packa upp den och kan inte, alltså error igen: "Unable to expand 'MRJPlugin.sit' - Stuffit archives are not supported". Jaha, behöver jag något som heter Stuffit, vad är det?! Google etc. Skickar ett mejl till core facility för att fråga hur jag ska ladda ner datat egentligen. Och då Hej-Yxskaft-svaret som lyder: "Jag skickar med instruktioner för hur du installerar Genome Studios". ... Say what?? Jag vill inte ha genome studios!
Gör det själv helt enkelt. Hittar en variant av Stuffit på Yale´s hemsida, testar att använda Safari istället för Firefox, och Tada! Nu funkar det. Men idiotin, idiotin!
Så alla ni core facility chefer där ute: Information. Gärna en sida på er hemsida där alla dataformat förklaras, där du berättar vilken variant av Illuminas pipeline som använts, och där du förklarar hur din kund kommer att få tillgång till sitt data. Och denna sida ska naturligtvis skickas till alla kunder.
Mitt måtto må vara Om du vill ha något gjort får du se till att göra det, men det betyder inte att jag VILL göra det.
Prenumerera på:
Inlägg (Atom)