Sabotage

Så denna kollega skulle samarbeta med oss på ett projekt, och vi pratade igenom designen länge och väl. Så här många prover, exakt dessa cell populationer. Bra så.

Men personen går och samlar en något annorlunda population av celler. Och bestämmer på egen hand att det är bra med ett mindre antal prover eftersom det blev så dyrt. Allt detta utan att ens diskutera saken med oss. Så nu sitter jag här med ännu ett skitmaterial, något som slängdes ihop på måfå utan att tänkas igenom. Denna kollega förstörde helt enkelt min forskning, för nu måste vi ju plötsligt tänka efter noga innan vi spenderar pengar på att samla fler prover.

Så fruktansvärt trött på alla små skitmaterial utan power, alla pengar som bara slängs i sjön, om och om igen. Så frustrerad över att denna gång faktiskt ha en genomtänkt design, men som förstörs av en mindre intelligent kollega, och det hela går bara ut över mig.

Och som grädde på moset - det är ju självklart delvis mitt fel eftersom jag inte höll koll på vad kollegan, en person som är mer senior än mig, faktiskt gjorde. Är jag en dagisfröken eller? Ursäkta språket, men j-vla idioter. Jag tycker det är jobbigt när dom förstör sin egen forskning, men när en annan person förstör min forskning helt på eget bevåg är det helt otroligt oacceptabelt.

Filformat

Hur stor del av min tid som går åt att formatera om filer vill jag inte tänka på, kanske 30%? Alla program använder olika format, eller ännu värre: bara små skillnader. Som att saknade värden codas med "." i en fil men måste ändras till "0" i en annan. Kul.

Men idag sitter jag här med mina data som jag lyckades ladda ner igår. Illumina genotypningsdata i .idat format. Och jag hittar ingen dokumentation någonstans om hur jag kan använda detta format. Hur jag kan konvertera det till något annat. Vad som egentligen finns i dessa filer och hur. Inte ett enda blogginlägg, inte en enda fråga på något forum online.

Det är ju ännu roligare. Jag trodde att själva analysen skulle vara det svåraste i detta projekt. Pilutta mig.

Uppdatering: Och svaret är - Du behöver Genome Studios för att behandla idat filer. Ett program som bara kan installeras på PCs. I de två labb där jag är medlem finns sammanlagt en 30 personer, ingen av dessa har en PC. Så. Himla. Osmart.
Men killen på Keck kommer att kalla genotyperna åt oss så jag kommer att ha dem idag.

Core facilities

Dessa stora byggstenar i vår forskningsvärld, de som får våra prover och producerar data (genotypning, sekvensering, you name it). Men alltid är det något som strular. Förutom på Broad då, där allt är så väloljat och tydligt menat att göra forskningen lättare. Men varför finns denna skillnad? Jag vet att väntetiderna, en av de största problemen på Karolinska iaf, beror på pengar. Men inställningen?

En av de mest grundläggande sakerna som en core facility måste klara av är att faktiskt få datat till kunden. Och informera om vad datat faktiskt är, vilka filer som kommer anlända på ett eller annat sätt alltså. Men det blir allt som oftast galet.

Varianterna som jag kommer på såhär på rak arm är:

Du får en länk till en hemsida med ett 40-tal länkar och lite mystiska koder och annat. Här ska du i en ruta fylla i en speciell kod som beror på vilka dina prover är för att få hem dom (illumina sequencing).

Du får en länk. Och om du klickar på den får du ett error-meddelande. För det var ju såklart så att Fetch skulle användas för att hämta datat. Hur svårt är det att informera om det?

Senaste varianten, dvs nyss och anledningen till att du läser detta inlägg, var en snygg knapp med "download data". Klicka, och yttligare en ruta kommer upp med ett errormeddelande. Som säger att du måste ha en java plug in för att ladda hem, och en länk till denna. So far so good. Laddar hem den, archive utilities försöker packa upp den och kan inte, alltså error igen: "Unable to expand 'MRJPlugin.sit' - Stuffit archives are not supported". Jaha, behöver jag något som heter Stuffit, vad är det?! Google etc. Skickar ett mejl till core facility för att fråga hur jag ska ladda ner datat egentligen. Och då Hej-Yxskaft-svaret som lyder: "Jag skickar med instruktioner för hur du installerar Genome Studios". ... Say what?? Jag vill inte ha genome studios!
Gör det själv helt enkelt. Hittar en variant av Stuffit på Yale´s hemsida, testar att använda Safari istället för Firefox, och Tada! Nu funkar det. Men idiotin, idiotin!

Så alla ni core facility chefer där ute: Information. Gärna en sida på er hemsida där alla dataformat förklaras, där du berättar vilken variant av Illuminas pipeline som använts, och där du förklarar hur din kund kommer att få tillgång till sitt data. Och denna sida ska naturligtvis skickas till alla kunder.

Mitt måtto må vara Om du vill ha något gjort får du se till att göra det, men det betyder inte att jag VILL göra det.

"What is traditional Swedish food like?"

Jag har tidigare varit oförmögen att svara på den frågan, mumlat något om kokt potatis och att vi äter all sorts mat. Köttbullar kommer ju alltid upp, alla har varit på IKEA och ätit Swedish meatballs. Just dom köttbullarna är ju inte så goda, och traditionen att göra köttbullar är dessutom Turkisk, så jag brukar vifta bort det.

Men under semestern insåg jag hur fel jag hade. Det finns en väldigt levande och underbar kultur av traditionall Svensk mat hemma i Svea rike. Och vi lyckades pricka in mycket av det när vi var hemma.

Sillunch med gravad lax, ägg, färskpotatis och gräddfil. Enkelt och underbart.

Grillat. Grilla grilla grilla, en svensk folksjukdom, och underbar sådan, under sommaren.

Med Jenny på Sjöpaviljongen åt J sillmacka och jag gravad lax med gräddstuvad potatis. Underbart.

Sen har vi det här med fika. Här från Tildas dop.

Och plocka bär och annat i skog och trädgård (hallon, blåbär, smultron, rabarber och kantareller) för att sedan tillaga. Detta var en underbar paj. Och den intogs såklart på en veranda i solen. Idyller idyller!

Men lax alltså. Vi åt minst sex olika sorters lax hemmavid. Antagligen Norsk lax, men det är ju nästan så Svenskt det kan bli...

Suktan!

Dricker min Cola, det funkar inte. Biter mig i tungan, nyper mig i armen, hoppar runt på stolen och utstöter antagligen en del underliga ljud. Men fy fabian va trött jag är!

Tänker att socker kanske skulle hjälpa. Suktar efter lösgodiset som finns hemma efter Sverigebesöket. Sura och salta godisar, det vattnas i munnen av tanken. Men sen var det ju de där 4 kg som tillkommit sen förra sommaren som jag ju skulle bli av med. Attans. Så jag dricker mera Cola (eller för att vara korrekt: Diet Coke), biter mig i tungan, och försöker få analyserna att gå snabbare genom tankekraft. Det går väldigt dåligt.

Labbmöte på Tidag, lite mkt att göra.


Edit: Hårdrock på hög volym hjälper.

jet lag

Ju mer jag reser ju mindre tolerant blir jag. Känner mig åksjuk och febrig vid start och landningar på flygningar, och genomlider nu en släng av jet lag. Igår gick jag från jobbet redan kl två och sov sedan 3 timmar. Men det stoppade mig inte från att lägga mig redan vid halv tio på kvällen.

Bättre idag, men måste dricka Cola.

Varmt/kallt

Tittar som vanligt upp vädret i morse och J säger: "Det ska bara bli 28 grader idag, skönt".

Så, vi är tillbaka i Boston alltså. Efter en hellish resa hem som involverade ett inställt flyg, övernattning på tråkigt hotell i ödemarken, massa köande och borttappat bagage.

Men vår strategi, att åka ifrån Boston under den värsta värmen, fungerade. 38 grader var det här i slutet på förra veckan, samtidigt hade vi 13 grader och regn i Polen. Så 28 grader är rätt skönt och behagligt, så länge man inte stannar allt för länge i solen. En kollega däremot kom till jobbet iklädd höstjacka av filt, för "det var så kallt". Hon är från Mauritius. Arv eller miljö?