Core facilities

Dessa stora byggstenar i vår forskningsvärld, de som får våra prover och producerar data (genotypning, sekvensering, you name it). Men alltid är det något som strular. Förutom på Broad då, där allt är så väloljat och tydligt menat att göra forskningen lättare. Men varför finns denna skillnad? Jag vet att väntetiderna, en av de största problemen på Karolinska iaf, beror på pengar. Men inställningen?

En av de mest grundläggande sakerna som en core facility måste klara av är att faktiskt få datat till kunden. Och informera om vad datat faktiskt är, vilka filer som kommer anlända på ett eller annat sätt alltså. Men det blir allt som oftast galet.

Varianterna som jag kommer på såhär på rak arm är:

Du får en länk till en hemsida med ett 40-tal länkar och lite mystiska koder och annat. Här ska du i en ruta fylla i en speciell kod som beror på vilka dina prover är för att få hem dom (illumina sequencing).

Du får en länk. Och om du klickar på den får du ett error-meddelande. För det var ju såklart så att Fetch skulle användas för att hämta datat. Hur svårt är det att informera om det?

Senaste varianten, dvs nyss och anledningen till att du läser detta inlägg, var en snygg knapp med "download data". Klicka, och yttligare en ruta kommer upp med ett errormeddelande. Som säger att du måste ha en java plug in för att ladda hem, och en länk till denna. So far so good. Laddar hem den, archive utilities försöker packa upp den och kan inte, alltså error igen: "Unable to expand 'MRJPlugin.sit' - Stuffit archives are not supported". Jaha, behöver jag något som heter Stuffit, vad är det?! Google etc. Skickar ett mejl till core facility för att fråga hur jag ska ladda ner datat egentligen. Och då Hej-Yxskaft-svaret som lyder: "Jag skickar med instruktioner för hur du installerar Genome Studios". ... Say what?? Jag vill inte ha genome studios!
Gör det själv helt enkelt. Hittar en variant av Stuffit på Yale´s hemsida, testar att använda Safari istället för Firefox, och Tada! Nu funkar det. Men idiotin, idiotin!

Så alla ni core facility chefer där ute: Information. Gärna en sida på er hemsida där alla dataformat förklaras, där du berättar vilken variant av Illuminas pipeline som använts, och där du förklarar hur din kund kommer att få tillgång till sitt data. Och denna sida ska naturligtvis skickas till alla kunder.

Mitt måtto må vara Om du vill ha något gjort får du se till att göra det, men det betyder inte att jag VILL göra det.