onsdag 30 januari 2013

ENCODEs förbannelse

ENCODE är ett vansinnigt ambitiöst projekt som har/håller på att kartlägga alla funktionella element i genomes (Encyclopedia of DNA Elements). Ett gigantiskt projekt där otaliga grupper samarbetar och utnyttjar olika metoder och cell typer för att förstå allt som händer i vårt DNA. En samling av resultat publicerades under förra året och dom är fantastiska att läsa.

Men en konsekvens av detta blir att du idag inte kan göra en genetisk eller genomisk studie utan att använda encodes data. Om du arbetar med GWAS data har du plötsligt ett hav av data för att annotera dina genetiska varianter: Är dom överrepresenterade bland aktiva regioner i T-celler? Är dom överrepresenterade bland regioner som binder vissa transkriptionsfaktorer? Data du kan använda för att annotera enskilda varianter bättre, eller i globala analyser. Helt underbart juh!


Men så sjukt mycket fler analyser att göra!!!

Inga kommentarer:

Skicka en kommentar