Mitt 2010

Jag har publicerat 4 artiklar detta år, två förstanamns, en sistanamns. Inga speciellt coola tidskrifter dock tyvärr. Siktar högre när det gäller kvalité, inte kvantitet, när det kommer till 2011.

Lärde mig extremt mycket. Praktiskt och psykologiskt.

Såg den bästa konserten någonsin, Jonsi. Helt otroligt obeskrivbart underbart. Tror inte det blir bättre än så. Såg även Movits! och diverse små indie-band och var på Popaganda. Såg en gäng dåliga filmer på bio.

Äldsta systern gifte sig och fick tredje barnet, alla andra blev också på smällen eller födde barn.

Jag fyllde 30 och krisen verkade bestå i att jag plötsligt inte visste om jag egentligen vill ha barn.

Labbet splittrades, jag flyttade till Broad, andra till Yale, och resten stack någon annanstans.

Vi fick besök av svåger med fru, Mams och Paps & Moster och Morbror, Syster två med barn och man, Svärmor, Jenny, och idag kommer Svärfar med fru. Att ha er här gör att Sverige, och ni, känns närmare!

Reste själv inte så värst mkt, förutom ett besök i Sverige var vi till Niagrafallen, Toronto och New York. Och Killington då, där vi firade vår DINKy jul.

Gruset i maskineriet

Vad är det som är svårt med det jag gör?

Jo, att sortera filer som har runt 50 miljoner rader eller mer, och att hålla koll på annoteringarna. Hur vetenskapligt intressant låter inte det? En BED fil har positioner som är 0-baserade, GTF filer är 1-baserade. Ensembl och NCBI har olika gener, RefSeq bara ett fåtal gener, och allt man laddar ner från UCSC saknar gennamn.

Sedan några veckor har jag roat mig med att ta fram en ny annoteringsfil för mina analyser, jag litade inte längre på den jag har använt. Så hur gör jag detta? Jag vill ha ensembls gener, kända lincRNAs som bl.a. personer här på Broad har tagit fram, samt de "nya" gener som jag mha bl.a. programmet Scripture har definierat bland mina celler. Ungefär detta gör jag därmed:

1. Ladda ner en ensembl GTF file från UCSC table browser
2. Ladda ner en Transcript ID - Gene ID fil från bioMart
3. Föra in respektive gennamn i ensembl.gtf filen
4. Kollar vilka lincRNAs som överlappar med mina ensembl gener, dessa vill jag inte lägga till (dubletter = death)
5. Lägga till de "nya" lincRNAs
6. Kollar vilka av generna definierade av Scripture som överlappar med min ensembl_lincRNA.gtf fil.
7. Lägger till de nya generna till min GTF.

Så då har jag då nu en annoteringsfil som är MER komplett, men inte helt komplett. Jag utelämnade ju alla nya isoformer av kända och okända gener. Så vid sidan om gör jag även en annoteringsfil som innehåller alla isoformer. Och det är här vi kommer till filerna som har 50 miljoner rader. Och nya isoformer av en känd gen måste vi även annotera som tillhörande just den genen. Vilket innebär smärtsamma processer där jag kollar hur rader i olika filer överlappar, skapar filer för dessa överlapp och sedan slutgiltligen för in de nya/egentliga gennamnen i ursprungsfilen. Låter det idiotiskt? Det är det. Vet du ett bättre sätt - please tell me.

Och alla dessa verktyg (som jag älskar), men som är så nya (eftersom fältet är nytt) och helt okompatibla med varann. Alltså spenderar man tiden med att sortera om filer, modifiera headers, hitta buggar. Och önskar att jag var en programmerare istället, och därmed kunde skriva bättre program än den oändliga radda av python program som nu bor på min hårddisk.

Och sen var det de vetenskapliga frågorna också.

Presentationsteknik.

En sur kommentar bara.

Nästa gång jag går på en presentation som ska vara 30 minuter och människan som håller den har 50 slides och därmed säger "And this I will not have time to cover" alternativt "perhaps Dr X will mention this later" ungefär 30 gånger så tänker jag bara gå. Alternativt skrika något extremt oartigt innan.

Final bording call!

Första gången jag tog tåget till New Haven så blev jag väldigt stressad. Stog där på perong 1 där tåget skulle gå, klockan var 06:13 och tåget ska gå 06:20. I högtalarna hör jag plötsligt:
"Final boarding call for regional train 95, final boarding call on track one"
Shit shit shit, finns det en till perong 1?! Inget tåg i sikte, de andra peronerna på perongen verkade inte nervösa alls. Är ju inte otänkbart att det finns perrong ett regional och perrong ett för långväga tåg. Korkat, men inte otänkbart. Står där och stampar lite nervöst. Igen hörs i högtalaren "This is the final boarding call for regional train number 95". !!

Och sen "Final boarding call for regional train 95, arriving on track one".
5 minuter senare anländer tåget.

Final boarding call innan tåget ens finns i närheten av stationen alltså. Smart.
Finns det en historia bakom det? Missar folk tåget om det inte ljuder ett "Final boarding call"? Nu vet jag iaf. Men dessa utrop gör mig fortfarande nervös.

Forskningsmiljö

Slogs idag av en stor skillnad mellan att arbeta här på Broad/Harvard/Yale mot i min gamla grupp hemma på KI. Och jomenvisst, de självklara skillnaderna är ju mängden pengar och koncentrationen av folk som gör häftiga saker här. Men det är inte det jag vill prata om nu.

Utan diskussionsklimatet. Jag skriver på en reviewartikel, och inser att jag inte en enda gång sedan jag kom hit har diskuterat teorierna kring det vi arbetar med, aldrig har fått den minsta inblick i hur de andra ser på uppkomsten av en komplex sjukdom, inte för 5 minuter har hört någon ifrågasätta det dom håller på med. Här finns drivet, diskussioner kring coola saker man kan göra och metoder som utvecklas i ljusets hastighet av dessa ubersmarta människor. Människor som hur lungt som helst kan babbla på och framställa sig som boss framför personer såsom Aviv, Rick och Brad (där jag ramlar tillbaka i den jävla Svenska jantepersonen). Jag har tidigare reagerat på att några av de stora projekten är taskigt skötta, helt enkelt för att de är för stora för en post doc att ta hand om (eftersom fler än 5 high shots är med), och de därmed inte blir tillyxade lite på en höft av personer som inte har riktig koll på vad dom sysslar med. Men nu tycker jag mig se en liknande en brist på reflektion på alla nivåer. Att fundera äver de riktigt stora frågorna är visst något som man gör på sin egen kammare om man har tid, kanske med sina närmaste vänner om de är forskare. Men oftast inte alls är jag rädd. Här finns det mängder av resurser och driv, men skyldigheten att göra något bra och genomtänkt då? Inte bara större populationer, mer sorterade celltyper och coolare tekniker.

Men sen kommer jag från en extremt diskussionsbenägen grupp på KI, där vi stirrade våra svagheter i ögonen mest hela tiden, och där jag utvecklade en väldigt stark kunskap och känsla för teorier bakom genetisk epidemiologi. Där alla metoder och idéer skrubbades ner till minsta beståndsdel och kritiskt tänkande var king.

Kanske detta som är den största anledningen till att jag inte riktigt förstår, eftertänksamhet är inte en dygd här. Att visa sina svagheter en svaghet, medan jag tycker det visar självinsikt.

Kontroll

Labbmöte avklarat.
Fick chefen (och andra) att inse att detta är svårt, och förhoppningsvis att det är därför det tar tid, ingen har gjort detta innan. Check.
Förmedla bilden att jag har kontroll över läget, att det är jag, eller jag och Chris, som faktiskt leder detta projekt och har koll. Check.
Förmedla att jag trots svårighetsgrad och komplikationer gör framsteg, att detta dataset kan ge oss extremt intressant information om hur T-celler fungerar. Check.

Pendlar emellanåt (varannan vecka) mellan Boston och New Haven, och har nu börjat kolla på boende i New Haven. Ett rum i en lägenhet någonstans. Skönt att det finns en plan, bossen är med på det, känns som om livet kan stabiliseras lite mer.

Bokat en resa hem till Sverige i Februari. Önskar mig gnistrande träd, vit snö överallt och blå himmel.

Holiday season är härligt! Thanksgiving middagen var jättetrevlig, det bakas för fullt och snart åker vi på skidsemester över jul, sen Orphan Christmas party hos C. Tror det blir en riktigt bra jul.

Ännu mer bollar i luften egentligen, men en positiv känsla. Framtidsplanerna klarnar lite, jag är optimistisk.

Tror dippen jag känt under de senaste månaderna är över.