Hur djupt måste vi sekvensera?

Hur djupt måste ett prov sekvenseras för att producera tillförlitliga mätvärden på genuttrycksnivåer?

Vi vet att microarrays genererar variabla mätvärden. Ta ett prov och separera det i två innan hybridisering till arrayen och du får en avsevärd varians i genuttryck. Skrämmande, men sant.
Men hur är det med RNA seq?

Artikeln RNA-sequencing analysis on human B-cells kommer fram till att 500 miljoner reads behövs. Gulp. Pappret är väl värt att läsa, och det dom gör är att poola alla reads från 20 B-cells linjer (40 miljoner reads var -> 800 milj totalt) och sedan använda fraktioner av det och kolla på variansen jämfört med "det sanna värdet", dvs det som uppmättes med 800 miljoner reads. Först vid 500 miljoner reads kröp variansen i mätvärdena ner till 10%. Och detta var i ett enda stort poolat prov - alltså ingen intrainviduell variation över huvud taget! Stor gul OBS lapp till alla labb i världen, Tack.

Fejes diskuterar artikeln och får mig att inse vissa svagheter, men för mig kvarstår grundbudskapet - sekvensera mera!

(Fejes fick nys om artikeln genom twitter och fiamh, dvs min vän Oliver, som i sin tur fick tipset från mig. Liten värld!)